模板与产物的关系
转录（Transcription）指依据DNA序列合成RNA，不是把录音写成文字的同名活动。RNA聚合酶局部解开DNA双螺旋，沿一条模板链读取碱基，按互补关系连接核糖核苷酸。新RNA沿5′至3′方向延长，其序列与所用DNA模板互补，和对应的非模板链相近，但使用尿嘧啶而不是胸腺嘧啶。
转录不是DNA复制，也不是翻译。复制产生DNA，翻译由核糖体读取信使RNA并合成多肽；逆转录则是以RNA为模板合成DNA。转录产物也并非全是信使RNA，核糖体RNA和转运RNA等本身就承担细胞功能，不需要先翻译为蛋白质。
起始、延伸与终止
启动子是转录机器识别和开始工作的DNA区域。以大肠杆菌为例，σ因子帮助RNA聚合酶识别合适的启动位置；进入延伸阶段后，酶连续添加核苷酸，前方DNA解链，后方DNA重新配对，RNA逐步离开酶。对每个转录单位，模板方向和起始位置都受到具体序列的约束。
终止不是等到聚合酶随意停下。细菌中有依赖Rho蛋白的机制，也有RNA自身形成发夹等结构参与的机制，使新生RNA与转录复合体分离。细菌没有核膜，信使RNA尚未完全转录时就可能被核糖体翻译；真核细胞核中的转录与细胞质中的翻译则在空间上分开。
参考：[1]
不同聚合酶与调控层次
真核细胞核内的RNA聚合酶并非一种酶包办全部工作。聚合酶I合成主要核糖体RNA的前体，聚合酶II合成蛋白质编码基因的前体信使RNA，聚合酶III则负责转运RNA、5S核糖体RNA等。前体RNA的形成与随后加工必须区分，产生转录本不等于已经得到可直接翻译的成熟信使RNA。
一般转录因子帮助聚合酶在启动子组装，其他调控蛋白可通过增强子或沉默子改变转录效率。真核DNA还与组蛋白构成染色质，其包装状态影响机器接近模板。因而基因表达差异不仅来自编码序列变化，也可来自调控序列、蛋白质因子和模板可及性的变化。
参考：[2]
从反应过程到分子结构
结构研究使转录机器可以在原子尺度上被考察。克拉默、布什内尔和科恩伯格提交的酿酒酵母RNA聚合酶II结构数据1I50于2001年公开，采用X射线衍射，分辨率为2.8埃。数据条目列出十种蛋白链以及实验方法和模型指标，为比较酶的亚基组织提供了可复查材料。
这类结构不是活细胞中整个过程的录像，而是特定实验条件下获得的分子构象。将结构信息与生化实验结合，才能检验模板如何进入、RNA如何离开以及催化中心如何工作的具体解释；不能仅凭一张静态模型断言全部调控机制已经解决。
参考：[3]