从遗传单位到分子对象
基因最初帮助解释某些性状怎样在世代之间传递，后来研究把它同染色体和DNA序列联系起来。一个基因可以包含制作特定产物所需的信息，但不是所有DNA都属于蛋白质编码基因。基因概念随证据发展而细化，不能把早期遗传因子原样当作现代完整的分子定义。
蛋白质与功能性RNA
一些基因经转录与翻译产生蛋白质，另一些产生不再被翻译的功能性RNA。后者可以参与结构、加工或调控，不能因为没有蛋白质产物就说它们没有作用。基因组中的调节序列还影响何时、何处以及以何种水平表达相关信息，作用需要放在整个细胞过程里理解。
同一基因的不同版本
同一位置可以存在不同序列版本，称为等位基因。人类通常从父母各得到一份相关常染色体信息，但具体遗传安排需要考虑染色体类型和其他情况。某些等位基因差异会影响产物或表达，另一些没有明显表现；不能把有变异一概解释为发生疾病或形成优势。
参考：[2]
基因不是性状的简单标签
许多性状涉及多个基因及环境共同作用，一个基因也可能参与不止一种生物过程。研究中区分序列、表达、产物和性状，才能判断证据支持到哪一层。人类基因组计划提供序列资源，但完整理解基因功能还需要实验和比较，不能仅靠一张基因名称清单完成。