氨基酸的次序
氨基酸通过肽键形成多肽链，侧链性质不同，使链上不同位置具有不同化学特点。蛋白质编码基因通过RNA和翻译过程规定相应序列，但成熟蛋白质还可能经过加工。只数氨基酸种类或总量，不能解释两种蛋白质为何具有不同结构与作用。
折叠形成可工作的形态
多肽链能够形成局部螺旋、折叠片层和更完整的三维结构，一些蛋白质还由多条链共同组成。分子形态使特定部位能够结合其他物质或彼此作用。温度、酸碱度等条件改变结构时，功能也可能改变，所以一段正确序列并不意味着在任何环境中都能正常工作。
参考：[2]
同类分子的多种工作
酶促进细胞中的化学反应，结构蛋白支撑细胞与组织，运输蛋白结合并运送物质。抗体参与识别，部分激素承担信号传递。分类依据功能而不是蛋白质是否属于某一种单一形状；同一细胞需要许多蛋白质协作，才能维持代谢、移动、分裂和对环境的反应。
数量、位置与活性需分别研究
研究某个基因时，知道它的DNA序列只是起点，还需要检查蛋白质是否生成、位于哪里、经过何种加工以及能否发挥作用。细胞可能通过改变蛋白质数量或活动状态调节过程。由基因到可观察性状之间存在多个层次，不能把任何一种变化都直接等同于最后的生物结果。