从大学办公室迁往厄普顿
选址人员考察了十余处地点，并请工程公司比较新泽西州汉考克堡与长岛厄普顿军营。厄普顿已有可改用的军用建筑，供水充足，周边人口较少；工程估算也比需要海堤等设施的汉考克堡有利。1946年7月，筹办者选定这里。实验室位于纽约州萨福克县布鲁克黑文镇，地名随后成为机构名称。
联合大学公司先于7月8日在新泽西州注册，选址后又于7月18日取得纽约州特许状。9月9日，其执行委员会正式采用“布鲁克黑文国家实验室”这一名称。1947年1月，工作人员从哥伦比亚大学办公室迁入厄普顿；3月21日，场地才正式从陆军部移交。
参考：[1]
经费通过合同进入实验室
筹备期的工资、办公室、差旅和顾问开支，由哥伦比亚大学承接的联邦合同支付。1947年原子能委员会接管有关职责后，1月7日发出给联合大学公司的函式合同，允许筹建继续推进，并为所列工作提供二百万美元。这笔初期资金使招募人员、安排设计与维持运作能够继续进行。
1月31日，哥伦比亚大学承接的筹建合同结束，此后由联合大学公司承担开支。两组雇员转入公司工资名册，加上1月直接招入的人员，2月1日实验室共有72名员工。另有三百余名维护军营的陆军部雇员，直到3月场地移交时才转入实验室。
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学科部门与设备项目交叉配合
首任主任菲利普·莫尔斯来自麻省理工学院。1947年4月的报告列出，诺曼·拉姆齐兼职主持物理部门，理查德·W. 多德森兼职主持化学部门，莱尔·博斯特领导反应堆项目，斯坦利·利文斯顿领导回旋加速器项目。研究按物理、化学、生物、医学及工程等部门组织，大型设备则另设项目组，随问题需要借调部门人员。
常驻人员保证工作连续性，大学来访科学家则可停留半年至两年。科学顾问委员会协助主任确定研究方向，研究计划还须提交原子能委员会批准。核结构、同位素制备、辐射测量及其生物医学应用，因此被安排在同一实验室体系内。
第一座反应堆如何调动合作
第一座反应堆的设计，显示这种分工怎样落实。团队咨询克林顿实验室及科学顾问委员会后，决定采用空气冷却的石墨堆，优先考虑使用灵活性和尽快建成。1947年4月报告称，设计接近完成，施工尚待开始；反应堆产物的提纯研究实验室也将配套建设。
物理部门的理论人员当时借调到反应堆项目。电子学组已于3月10日进入临时场所，修理、测试设备，并开始通过橡树岭的仪器生产部门订购器材。其任务包括取得和测试用于检查石墨纯度的计数装置、协助设计反应堆仪器设备，以及选择辐射本底监测站点。大型装置的筹建由此同时牵动理论、测量、材料和人员防护工作。
参考：[2]
把研究训练留在大学网络中
布鲁克黑文还希望接纳研究生参与实际项目，由实验室提供指导与核研究设施，并与派出大学协商论文监督和发表。实验室本身不授予学位或学分。这样，大学能够使用单独建设难以负担的设备，实验室则得到流动的研究人员与问题来源；1947年的工作重点，正是把这种安排逐步落实为人员、场地和正在设计的仪器。