合并方案与不同参与者
东姑阿都拉曼在1961年5月公开提出范围更广的联合方案，除马来亚和新加坡外，还包括北婆罗洲、砂拉越及文莱。马来亚领导层对新加坡人口构成、左翼力量及联邦内部政治平衡的顾虑，影响了谈判；李光耀政府则推动以合并实现其政治目标。文莱虽曾参与磋商，最终没有加入。
参与地区并非四个法律地位相同的独立国家。马来亚已有联邦政府和宪法；北婆罗洲、砂拉越仍属英国殖民地，新加坡拥有自己的自治政府。各方需要解决的既是殖民关系终结，也是联邦与地方如何分配权力。
7月协定规定的制度重组
英国、马来亚联合邦、北婆罗洲、砂拉越和新加坡的代表于1963年7月9日在伦敦签署协定。第I条规定，新增的沙巴、砂拉越、新加坡三州与马来亚现有各州联合，联邦此后称为马来西亚。附件A列出原马来亚十一州及新增三州，因此不能把新联邦简单表述为只有四个州的国家。
协定要求马来亚方面修订联邦宪法，英国方面使新增州宪法获得法律效力，并自马来西亚日放弃对这些地区的主权与管辖。它还对进入沙巴、砂拉越的移民管理另作安排，并设置马来亚与新加坡的共同市场和财政约定。去殖民化也不等于英国军队当天全部离境：第VI条保留了英国继续使用新加坡基地和设施的安排。
参考：[1]
日期推迟与婆罗洲民意调查
原协定将成立日定为8月31日，后经修订改为9月16日。联合国调查团在8月至9月赴沙巴和砂拉越，评估当地居民对加入联邦的意愿；这不是一次由联合国组织、逐人投票的全民公决，而是结合既有选举、听证和各类代表意见作出的调查。
9月14日公布的秘书长结论认为，两地相当多数居民愿意加入马来西亚。报告也考虑了殖民地政治环境、政治拘禁和教育条件等限制。这个结论是对所收集证据的评估，并不意味着居民意见完全一致。印度尼西亚和菲律宾对调查及成立过程继续提出异议，并在成立之初不予承认。
9月16日成立及其边界
1963年9月16日马来西亚正式成立，沙巴、砂拉越与新加坡成为联邦组成部分。其在联合国的代表延续使用马来亚联合邦席位，说明国家名称、领土范围和内部宪制的改变，并不必然意味着所有国际法律关系从零重新建立。
合并没有消除中央与地方之间的政治、经济分歧。新加坡于1965年8月9日脱离马来西亚，成为独立国家，这是另一次制度转折，不能倒推为它从未参加1963年的联合。马来西亚成立也不涉及把整个婆罗洲纳入联邦，更不能把未加入的文莱列作创始成员。