保持自身统治的山地政治中心
比尔卡班巴位于库斯科西北、阿普里马克河与乌鲁班巴河之间，山地与森林交错。曼科·印加在1536年围攻库斯科失败后向这一地区转移，维特科斯及更深入山林的据点成为其后裔统治的基础。这里是征服后继续存在的印加政治中心，并不是仍控制整个安第斯的旧帝国。
当地政权与西班牙殖民当局之间既有战争，也有谈判。蒂图·库西·尤潘基曾与总督的前任当局订立协议，接受对西班牙国王的臣属关系，却继续留在比尔卡班巴。其死后，图帕克·阿马鲁一世继位。托莱多要求统治者离开山地、进入殖民当局控制的城镇，冲突涉及的因而不只是效忠名义，更是当地统治权能否继续存在。
谈判破裂与1572年进军
多明我会修士加夫列尔·德·奥维耶多参加了1571年的交涉。他的记述显示，使团携有此前协议及王室确认文件，却未能进入比尔卡班巴；随后派出的使者蒂拉诺·德·阿纳亚也遭杀害。殖民当局把使者遇害作为发动战争的理由。奥维耶多同时记载，西班牙人后来才得知蒂图·库西早已死亡，交涉双方掌握的信息并不对称。
1572年，马丁·乌尔塔多·德·阿尔别托率军进攻。其部队不仅有西班牙人，还有卡尼亚里与查查波亚盟军。进军者修复被毁的桥梁，突破防御并占领比尔卡班巴。图帕克·阿马鲁与亲属向森林地区撤退，马丁·加西亚·德·洛约拉率队追踪，将他捕获。王族成员被俘与据点失守相继发生，使残存的统治机构失去了继续组织抵抗的核心。
库斯科的审判、处决与放逐
俘虏于1572年9月被押入库斯科。奥维耶多本人参与对王族俘虏的传教，记述了图帕克·阿马鲁接受教理教育、受洗、被判死刑及公开斩首的过程。凯瑟琳·朱利安的研究将入城日期定为9月21日，处决定为9月24日。
奥维耶多记下了围观原住民的哭喊，以及首级示众后群众继续哀悼的情景；他又把临刑前的言论解释为否定旧宗教、拥护基督教的宣示。这是一位参与殖民传教的当事人的叙述，其中的宗教解释与处刑事实具有不同的证据性质。
镇压并不限于被俘君主。另有将领遭处死或断手，王族儿童及部分库斯科印加贵族被送往利马，接受放逐处分。殖民当局以防止再次叛乱为理由，拆散了比尔卡班巴王族与库斯科贵族之间可能支撑政治动员的联系。
地区纳入殖民行政与历史记忆
战争之后，西班牙人在维特科斯河谷建立圣弗朗西斯科·德拉维多利亚城。乌尔塔多获得比尔卡班巴地区总督、军事长官及最高司法长官的任命。原先围绕印加统治者运行的地方政治中心，被殖民城镇及其军事、司法职权取代。这个转折结束的是一处王朝政权，而非所有印加后裔或安第斯人的政治活动。
图帕克·阿马鲁之死此后成为安第斯历史记忆的重要场景。加尔西拉索与瓜曼·波马的叙述，都把君主的死亡与托莱多的道德责任联系起来。朱利安通过对照同时代书信，指出后来广泛流传的“西班牙国王斥责托莱多杀死国王”的故事缺乏可靠印证；它表达了对征服暴力的批判，却不能直接等同于王室会见的实录。