从日本到科赫实验室
北里出生于今熊本县小国町，先在熊本学习医学，后进入东京医学校，1883年毕业并在内务省卫生局工作。1886年起，他赴德国跟随罗伯特·科赫研究病原微生物。
参考：[1]
破伤风与抗毒素
1889年，北里实现破伤风菌的纯培养。1890年，他与贝林报告血清抗毒素的研究，显示免疫动物血液中的物质能够中和毒素并把保护作用传给其他动物。这是后来血清治疗发展的实验基础之一。
传染病研究与医学教育
1892年，北里在福泽谕吉等人的支持下建立私立传染病研究所。1914年，该所行政归属调整后，他辞职另建北里研究所；1917年参与创办庆应义塾的医学教育机构，培养细菌学和免疫学研究者。