六十五卷怎样组织历史
《三国志》编成于3世纪晚期，叙事向前延伸至汉末群雄活动，向后涉及晋统一前后的局势。全书分魏、蜀、吴三部分：魏三十卷、蜀十五卷、吴二十卷，以统治者和重要人物的活动串联政治、战争及地方事务。
编排中，魏的统治者使用“纪”，刘备、刘禅及孙权等则列入“传”，体现了作者在晋承魏统的政治环境中安排历史名分的方式。清代《四库全书总目提要》对这种安排提出批评，同时又联系陈寿身为晋臣的处境说明其限制。
本传与裴注如何并存
陈寿利用王沈《魏书》、韦昭《吴书》、鱼豢《魏略》等官私记述，形成相对简约的叙事。南朝刘宋的裴松之受诏作注，于429年上呈。他在进表中肯定原书的条理，同时指出过于简略、存在遗漏，于是搜集其他书籍补充。
裴注的工作包括补入原书未载材料、并列难以判定的不同记述、辨正明显错误，以及提出自己的评论。《诸葛亮传》中，注释就保留了《魏略》所述初见刘备的另一版本，再以《出师表》关于三顾草庐的记载反驳它；读者可以直接看见证据的冲突与取舍。
传本保存与阅读层次
清代馆臣一面肯定裴注保存了许多后来散佚的六朝文献，一面批评其中收录的部分怪异故事与本事关系不大。这提醒读者：注释保留某种说法，既可能是补证，也可能是为了辨驳或存疑，具体要看引书与按语。
国家图书馆出版社的宋刻十行本影印说明，展示了《三国志》经抄写、刊刻和收藏传到今天的另一层历史。使用通行本时，将陈寿正文、裴松之所引旧书及裴氏按语分开，才能判断某项细节由谁记载、作者是否赞同，以及它与其他记述的关系。