编纂缘起与序文证言
《古事记》的成书过程主要依据卷首署名太安万侣的序文。序中说，天武天皇认为诸家保存的帝纪与本辞存在混乱，命稗田阿礼诵习帝皇世系与先代旧辞，期望整理并传之后世。这项工作当时未能完成，后来元明天皇命太安万侣撰录阿礼所诵内容，于和铜五年，即712年进呈。
这段叙述既交代资料来历，也表达朝廷统一历史记忆的意图。所谓去伪存真，是编纂者在序文中的政治与文本主张，不能因此断言所收故事都已得到现代史学意义上的核验。序文是理解编纂目的的重要材料，本身也需要放回当时王权建设的背景中解释。
三卷结构与神人相接
全书实际分上、中、下三卷，而非仅有上下两卷。上卷附序，主体为天地初开及诸神故事；中卷从神武至应神天皇，下卷从仁德至推古天皇。这样的安排把神代、王统起源和历代皇室传承接合起来，不是一部逐年铺陈全部政事的编年史。
上卷以神的生成解释国土和自然秩序。例如伊耶那岐、伊耶那美生国生神的故事，把岛屿、山川与神谱相连；黄泉国故事通过追逐、阻隔及生死的对话，说明人世与死亡世界的分离。伊耶那岐其后祓禊，产生天照大神等神祇，又继续推进神谱。这些段落应作为神话叙事阅读，而非地理形成或人口变化的实录。
汉字书写与文学组织
太安万侣在序中说明，用汉字记录古老语言存在困难：完全按字义表达可能不能尽意，全部借音又使篇幅冗长，因此交用音与训，并对难懂之处加注。上卷正文反复标示某些字应依音读，便可看到这种书写安排。它保存的不只是故事内容，也是早期日语表达与汉字运用的痕迹。
系谱、对话和歌谣共同构成作品。它不是毫无选择地堆放民间传说，而把神祇和人物组织进相连的王权故事。与同样保存神话的《日本书纪》相比，《古事记》更强调叙事的连续性；《日本书纪》则常并列不同传说。两书可互相参照，却不能把一书的情节直接补作另一书的原文。
抄本、注释与史料边界
712年的进呈原本并未保存下来。现存最古的完整三卷抄本是名古屋真福寺所传本，由僧人贤瑜于1371至1372年抄写。作品的成书年代与现存书本的制作年代相隔甚远，因此字形、读法及异文须结合传本比较，不能把晚期抄本当成太安万侣手稿。
近世本居宣长的《古事记传》推动了详细注释及经典地位的形成，但注释仍是后人的解释。今天研究本书，既可考察古代王权和氏族如何叙说自身来源，也可分析神话、语言与文学构造；用其重建具体历史时，则需与其他文献及考古材料互证。