官修国史的编纂
《日本书纪》成于奈良时代养老四年（720），由舍人亲王主持编修，纪清人、三宅藤麻吕等参与实际工作。它不是舍人亲王个人经历的记录，而是朝廷组织人员、汇集旧材料而成的国史。关于此前编纂的起点，书中天武十年（681）条记有命皇子等记录帝纪与上古诸事的活动。
全书现存三十卷，另有一卷系图已经亡佚。最初两卷为神代纪，其后从神武纪至持统纪，结束于持统十一年（697）。《古事记》则以三卷组织神话、系谱与传说，叙述止于推古天皇；两书虽共享部分材料，却不是同书的长短版本。
汉文与编年的历史框架
从卷三以后，《日本书纪》以历代天皇为中心，将事件纳入年月次序，用汉文记述继承、战争、祭祀、外交和政令。这样的结构把分散的地方与氏族记忆汇入一条王权历史，使统治者的谱系与国家事件彼此衔接。
材料来源并不限于日本内部的帝纪、旧辞，还包括朝廷记录、个人手记，以及中国史书和《百济记》等朝鲜半岛资料。汉籍也参与修饰叙述语言。因而，书中某段文字既可能保存较早记录，又可能经过编者的取舍与文学加工；引用外来史书不等于自动消除了朝廷立场。
异传并录的神代卷
卷一开篇以天地未分、阴阳凝成来讲述世界起源，随即多次列出“一书曰”，保存其他说法。有的叙述先出现国常立尊，有的列出不同神名和生成次序；关于伊弉诺、伊弉冉的谱系也保留异说。这不是一套前后一致的自然史，而是编者将多种神话纳入同一文本的结果。
异传的保留使读者能观察传统之间的差异，也提示主文只是编排中的一种选择。卷中还以汉字说明神名的日语读法，显示汉文叙述与本土语音并置。研究这部分材料，可以讨论信仰、语言和王权起源观念，却不能把神的世代直接换算为可证实的公历年表。
参考：[3]
记录层次与交叉核对
越接近编纂时代，朝廷日常记录的比重越大。国立公文书馆指出，天武纪、持统纪一带增多了这类材料，可信程度因此与神代传说不同。但较晚记事仍须结合其他文献、铭文或考古资料检验，不能仅因排列出年月，就认定每项细节都已获得独立证明。
例如奈良县介绍牵牛子塚古坟时，将双室墓制、石材和年代等考古特征，与《日本书纪》关于斋明天皇合葬的记载比较，同时指出《续日本纪》有关后续营陵的记录仍待解释。这种互证展示了史书的用途，也说明传统纪年、编者叙述与现代识别之间，仍有需要逐项讨论的距离。