相似与差异同时传递
后代同亲代相似，却不必是亲代的缩小复制品。遗传研究试图区分哪些差异能够跨代传递，以及这些差异怎样组合。现代遗传学把基因、DNA变异和环境作用联系起来；家庭中的共同生活条件也会带来相似性，因此看到亲子相似并不能单独确定遗传机制。
参考：[2]
分离而不是简单混合
孟德尔用豌豆杂交发现，某些在一代中没有显现的特征能够在后代重新出现，这不符合性状永久混合的简单解释。现代说明把等位基因的分离同配子形成联系起来。显性描述特定条件下的表现关系，不表示这种等位基因在数量、价值或适应性上必然更强。
参考：[1]
组合规律及其适用条件
不同染色体上的基因可以表现独立分配，位于同一染色体上的基因则可能连锁，重组又能改变一起传递的组合。因此经典比例是特定实验与条件下的预期，不是每种生物和每个性状都必须出现的固定数字。分析遗传规律需要同时知道交配安排和所观察的对象。
参考：[1]
从单因子到复杂性状
多个基因能够共同影响一种性状，基因之间也可能改变彼此的表现，环境使结果进一步变化。遗传不是把所有后果都预先锁定的过程，而是代际传递与发育条件相互作用的研究问题。孟德尔实验的重要性在于提出可检验的规律，而不是取消后来发现的复杂性。