从港湾岛屿到联邦检查站
埃利斯岛位于哈得孙河口的纽约港，其地点历史早于移民检查站。荷兰和英国殖民时期，附近牡蛎资源使它具有“牡蛎岛”的称呼；此后的军事设施又为联邦改建留下了建筑基础。移民时代的填海把原约3.3英亩的小岛扩大到约27.5英亩，今日岛屿形态很大程度上来自设施建设，而非原有自然岸线。
1891年移民法推动联邦政府接管入境管理，并把健康检查交给海员医院服务机构。岛上第一座木结构移民大楼于1892年1月1日开放。1897年6月15日的火灾烧毁木建筑群，人员成功撤离；重建的主楼于1900年12月17日开放，其后又增设厨房、洗衣房、动力设施和医院。
准入、医疗与文书体系
岛屿不是简单的乘船登陆点，而是一套由移民官、医护人员、翻译、文书和渡船人员共同维持的审查系统。法律准入与医疗检查分属不同职能：医院既治疗患病者，也服务于以健康状况决定能否入境的制度。1902年开放的主医院很快需要扩充，后续填海区域增建了传染病医院和隔离病房。
移民检查员在登记大厅对照船公司于出发港制作的乘客名册，核实身份、目的地及相关回答，判断来者是否属于当时法律排斥的类别。契约劳工、某些有犯罪记录者以及被认为可能依赖公共救济者，都可能面临拒绝入境。抵达纽约港的检查也可以在船上进行，因此全港旅客名册与实际登岛人员不是同一范围；岛上的档案工作还包括拘留及遣返记录。
移民减少后的拘留与军事用途
1921年和1924年的移民配额法律限制了按国籍接收移民的数量。海外领事机构承担更多事先审查工作，使多数旅客不再需要经过埃利斯岛的传统检查程序；经济大萧条又进一步降低移民流量。检查站的重点由大批新移民入境，逐步转向有入境争议者的拘留、审理与遣返。
第二次世界大战期间，岛上同时存在不同用途：海岸警卫队在部分建筑中训练人员，移民机关则拘留被当作潜在危险对象的德国、意大利和日本籍外国人及其家属，医院还收治美国伤员。战后遣返与拘留继续进行，1950年国内安全法及反共压力一度造成拘留人数增加。这些经历与“欢迎新来者”的形象并存，是岛屿运作史的一部分。
关闭、保存与公众记忆
检查站在1954年关闭，结束了始于1892年的主要移民行政用途。国家公园管理局所述约一千二百万人的规模，指这一时期在岛上接受处理的移民，并不是全美国移民总数，也不意味着所有人均获准入境。
1965年5月11日，埃利斯岛被纳入自由女神像国家纪念地。修复后的主楼于1990年9月10日以博物馆形式向公众开放，原先用于判断准入资格的建筑转为解释移民历史的场所。登记大厅、医疗设施和拘留记录共同留下了不同层面的记忆：获得新生活的机会，以及国家审查、排斥和家庭分离带来的不确定性。