纽约港的一座联邦关口
1892年1月1日，埃利斯岛联邦移民检查站在纽约港启用。此前纽约州曾在曼哈顿南端的城堡花园接待移民，联邦接管期间又使用码头办公楼。随着移民管理转向财政部统辖，政府把旅客集中到一处能够检查和暂留的设施。原来设有军事设施的小岛因此填海扩建，增设码头、登记场所、医院和厨房。
约翰·韦伯负责新站的移民管理。1891年移民法列出若干不得入境的类别，包括被认定可能成为公共负担的人。岛上的职员要将这些法律分类落实到具体旅客身上，并决定谁能够离岛进入美国、谁需要进一步调查。
远洋客轮与预先写好的名单
移民的检查链条在登岛前已经开始。轮船跨越大西洋抵达纽约港后，船方必须向官员提交旅客资料。1891年法要求报告姓名、国籍、最后居住地和目的地等信息；登记人员据此核对眼前的人，询问其入境去向。船公司既运送乘客，也承担遵守入境规则的责任，违规抵达者可能被送回原来的船只。
不同船舱带来不同路径。一、二等舱旅客通常在船上接受检查，统舱与三等舱旅客则换乘渡船或驳船前往埃利斯岛。船上检查未获通过的一、二等舱旅客也会被送到岛上。船舱等级因而影响了检查地点与等待方式；对于携带孩子和行李的家庭，转运是抵达纽约后仍需经历的一段旅程。
身体检查和法律问询
健康检查由美国海员医院服务机构的医务人员承担，该机构后来演变为公共卫生署。进入二十世纪，在重建后的大楼内，医生观察排队者的步态、呼吸及其他可能的症状，需要进一步诊断者被分流。检查既为发现传染风险，也影响官员对于旅客能否劳动、自谋生活的判断。医学分类因而可能直接改变一家人的入境前景。
法律问询由移民检查员进行，翻译帮助不同语言的旅客回答问题。检查员将口头回答与船方名单对应，核实目的地和经济支持。无法立即获准者可能等待进一步调查或特别询问委员会的听证。官员作出决定之后，旅客分别进入获准离岛、继续留置或被送返的程序。
一家人是否能一起离岛
官员所问的地址和亲属关系，连接着美国境内接人的家属、铁路线路与移民准备投奔的社区。岛上的铁路售票处为继续前往内陆的人安排后续路程。对独自旅行的妇女或儿童，职员会核实接应人，并通过电报联系亲属。一些已经具备入境资格的旅客仍要留下，等候家属接应、补足资金，或等待住院亲人出院后一起出发。
制度分类也会受到挑战。1902年，来自波多黎各的伊莎贝尔·冈萨雷斯被当作外国移民留置，官员怀疑她可能成为公共负担。案件进入最高法院后，1904年的冈萨雷斯诉威廉斯判决认定，波多黎各居民不属于1891年移民法所说的外国人，并撤销了继续拘押她的裁定。法院将判决限定于入境法律中的身份分类，把美国公民身份问题留在本案之外。
从木屋检查站到移民记忆
初期木结构设施在1897年6月15日的火灾中被毁，检查工作暂时迁回曼哈顿。博林与蒂尔顿设计的新主楼于1900年12月17日启用，其后医院、洗衣房和其他设施继续扩建。人员吞吐量、留置与治疗需求的增长，推动移民站形成了连接三个岛区的建筑群。
二十世纪二十年代，美国实行更严的移民限额，并强化海外领事签证审查，埃利斯岛作为大批新移民首检地点的作用随之缩小。移民站于1954年关闭，修复后的主楼在1990年作为博物馆开放。留下的旅客名单、建筑和判决，使这里能够讲述迁徙与团聚，也展示国家如何依据疾病、经济能力和身份划定入境门槛。