政变之后的安全与权力危机
1966年1月，军事政变结束了尼日利亚独立后建立的文官政府。伊龙西随后掌权，暂停宪制、解散议会并推行中央集权改革。同年7月，北方军人发动反政变，伊龙西被杀，雅库布·戈翁成为联邦军政府领导人。军队与国家权力的分裂，使原有地区矛盾进一步激化。
针对居住在北方的伊博人的屠杀，促使大批幸存者逃回东部地区。东部军政长官奥朱库拒绝承认戈翁统治的正当性，也质疑联邦能否保障东部居民在其他地区的安全。1967年1月在加纳阿布里的会谈虽形成妥协，但围绕中央权限与协议落实的争执未获解决。
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东部地区转为比亚法拉
1967年5月，戈翁宣布以十二个州取代原有四大地区。这既削弱了北方大区的优势，也把东部沿海少数族群地区与伊博人腹地分开，使石油收入和出海通道成为争夺的关键。东部地区并非只有伊博人，各族群对联邦和地方统治的利益并不一致。
5月27日，东部酋长、长老与代表的联合会议授权奥朱库宣布独立。该决议把人身安全得不到保护、流离失所和联邦失信列为理由。5月30日，奥朱库宣布比亚法拉共和国成立，主张原东部地区及其领海脱离联邦。这一单方面独立宣告，遭到联邦军政府拒绝。
封锁与军事行动
美国国家安全委员会工作人员汉密尔顿在5月31日的备忘录中记载，戈翁在独立宣告后恢复对东部的经济封锁，并命令军队动员。文件还记载他向美国和英国寻求军事支持。这是危机发生时美国官员的观察，显示独立宣告与全面战争之间已经出现了军事准备和外交交涉。
7月，联邦军队向比亚法拉控制区推进，试图恢复拉各斯的权威，战斗由此展开。比亚法拉军队随后向中西部地区发动攻势，联邦军队又夺回该地区。最初被联邦称为警察性质的行动，逐渐变成需要大规模扩军的持久战争；双方争夺的已不仅是行政权限，而是比亚法拉能否维持独立统治。
战争代价与联邦的存续
战线收缩、封锁和生产秩序破坏，使比亚法拉平民面临严重粮食与医疗物资短缺。红十字国际委员会等机构运送食品、提供医疗救助并组织空运。饥饿儿童的处境引起国际关注，人道救援的规模与政治压力也成为这场战争的重要特征。
1970年1月，比亚法拉抵抗崩溃，奥朱库离境，继任者菲利普·埃菲翁接受联邦权威。尼日利亚维持了统一，但原东部地区的住房、学校、医院与交通设施遭受重大损毁。1967年的转折因此同时涉及国家边界主张、联邦内部权力配置和居民生命安全，而战争胜负并未使重建与族群互信问题立即消失。