近江朝廷与吉野皇子
天智天皇晚年，弟弟大海人皇子和儿子大友皇子都是继承格局中的关键人物。671年，大友被任为太政大臣，大海人则退出近江朝廷，进入吉野。天智去世后，大友主持近江方面的政务，两方之间的紧张转为武装冲突。
《日本书纪》叙述，大海人收到近江朝廷借修陵征发带兵器人夫、设置监视据点的消息，于是把起兵说成避免遭害的自卫。此书在大海人获胜后形成的政治秩序中编成，叙事称他为天皇，称敌方为罪人。有关谋害动机和当事人对话，应理解为该书保存的说法，而不是双方都留下证据的事实。
交通控制与地方动员
672年旧历六月，大海人派人前往美浓，组织当地兵力并封锁不破道路，随后从吉野经伊贺、伊势向东行进。控制不破等通道，一方面让自身获得东部兵源，另一方面阻止近江朝廷从同一地区征兵。这场争位战争因而不是只在宫廷内部解决的冲突，而涉及地方官、豪族、道路和粮食资源。
《日本书纪》还记述了征用运米马匹、请求驿铃失败以及沿途地方人员归附等细节。近江方面同样派出使者征兵，但并非所有地方都服从：书中筑紫长官以防备外敌、不可抽空边防为由拒绝出兵。动员结果取决于地方关系和实际控制，中央的命令本身并不保证军队到来。
大和与近江两线作战
大海人一方并非只从东方单线进攻。大伴吹负在大和起兵，争夺飞鸟旧都及周边道路；村国男依等则从不破向近江推进。大和战场一度出现挫折，随后在援军和地方部队支撑下恢复局面。飞鸟虽已不是天智的都城，仍保有兵器、官署和交通方面的重要性。
旧历七月二十二日，大海人军在濑田桥一带击破近江军。大友逃亡后自尽，近江朝廷失去继续抵抗的核心。战后的处置包括对部分近江重臣施以死刑或流放，同时赦免其余人员，并给胜方有功者授予冠位与奖赏。战争改变的不只是继承人，也重组了宫廷中的人员与权力关系。
胜利后的建制与史料界限
大海人回到飞鸟，673年在飞鸟净御原宫即位，是为天武天皇。672年的军事胜利与673年的即位是两个相连而不同的节点。天武及其后的持统统治继续推进以天皇为中心的制度整备，但不能把后来律令国家的全部制度都说成在战事结束当天一次完成。
壬申之乱显示，王权的集中依赖皇族联盟、地方征发和军事胜利相结合。保存其经过的主要叙事又来自胜方秩序，书中的神意征兆与英雄化描写尤其体现了正统性的表达。利用这些材料可以重建主要行军和政权变动，却不宜把所有演说、数字或神异记载视作未经修饰的战场记录。