针对苏我本宗家的联盟
乙巳之变因645年的干支纪年得名，中心事件是飞鸟板盖宫中的政治谋杀。此前苏我虾夷、入鹿父子掌握重要权力，与王族及其他贵族的矛盾日益尖锐。《日本书纪》把643年山背大兄王一家的死亡与入鹿联系起来，又以僭越君臣秩序的叙述解释父子的败亡。
政变联盟并非简单的“皇族对苏我氏”。中臣镰足联系中大兄皇子，苏我仓山田石川麻吕也加入谋划，并与中大兄建立婚姻联系。苏我氏内部成员参加了推翻其本宗家的行动，这一点也解释了为何政变以后仍有苏我氏贵族居于高位。
宫廷刺杀与武装瓦解
按《日本书纪》皇极四年六月条，旧历六月十二日，石川麻吕在天皇面前宣读三韩表文，入鹿入宫参加仪式。谋划者使入鹿解剑，控制宫门，由中大兄、佐伯子麻吕等发动袭击，最终杀死入鹿。史书还记述皇极对突发暴力感到惊讶，因此不能把行动直接叙述成天皇公开主持的审判。
中大兄随后进入法兴寺布防。虾夷一方曾集结武装，但支持者相继散去。翌日虾夷败亡，《日本书纪》记其焚毁珍宝和《天皇记》《国记》，又称船史惠尺抢出《国记》。这些记载把宫中刺杀与宫外军事、政治支持的崩解连在一起，而不是一场刺杀便自动完成全部权力转移。
皇位转移与执政重组
旧历六月十四日，皇极让位于轻皇子，即孝德天皇，中大兄成为皇太子。新政府以阿倍内麻吕为左大臣、苏我仓山田石川麻吕为右大臣，中臣镰足任内臣，高向玄理与僧旻出任国博士。新权力结构仍依赖王族、贵族与熟悉大陆制度的人士共同运作。
此后改元大化，朝廷开始推进户籍、田亩调查以及地方行政等措施。《日本书纪》把相关命令分载于后续月份及年份。这些改革与政变存在政治联系，却不是同一天发生的一项法令；乙巳之变首先改变的是中央权力配置，为后续建制提供了条件。
参考：[2]
政变如何进入历史叙述
事件的细节主要见于宫廷编纂的《日本书纪》。书中不仅记载行动过程，还以预兆、忠逆和君臣名分组织故事。这种叙事能够说明胜利者如何解释政变，却不能使人物动机、宫中对话和神异征兆都获得同等的事实地位。
传世文本也经历了长期抄写与校勘。京都国立博物馆所藏卷二十二、卷二十四“岩崎本”，据笔迹和纸质被定为十至十一世纪抄本，并留有后世训读和校勘痕迹。因而，乙巳之变既是645年的权力转折，也是一件经后代史书与抄本传统传述的事件。