三人机组与地面训练
联盟MS-06的任务是运送长期驻站人员，并在驻留结束后将他们送回地面。指令长亚历山大·米苏尔金来自俄罗斯国家航天集团，两名飞行工程师马克·范德海和约瑟夫·阿卡巴来自美国国家航空航天局。对范德海而言，这是首次太空飞行；米苏尔金与阿卡巴此前已有飞行经验。
机组在俄罗斯训练飞船和空间站俄方舱段的操作，再到国际合作伙伴基地学习美方舱段工作。训练既包括交会对接、手控下降，也包括失压、火灾及紧急撤离。飞船不仅承担启程时的运输，停靠期间还须保持能够载人返回的状态。
四圈交会与开舱
2017年9月12日21时17分，联盟MS-06从哈萨克斯坦拜科努尔发射场升空；这是协调世界时，当地已是13日凌晨3时17分。飞船绕地球四圈，于13日02时55分与国际空间站“探索”小型研究舱完成对接，从发射到连接约五个半小时。
对接后，机组检查舱体和接口气密性，均衡压力，再开启通道。美国航天局当天的运行记录将开舱记为美国中部夏令时13日00时08分，即协调世界时05时08分。接触空间站与进入站内因而是先后完成的两个步骤，随后还有安全简报和飞船停靠配置工作。
进入六人空间站
三人抵达时，站内已有兰迪·布雷斯尼克、谢尔盖·梁赞斯基和保罗·内斯波利，人员总数恢复到六名。第53期远征的指令长是布雷斯尼克；米苏尔金在随后第54期远征担任指令长。联盟MS-06的三名乘员留在站内跨越两期远征，飞船航次与站内值守班次并不完全重合。
此次安排使美方舱段的长期工作人员由三人增至四人，增加可用于科研的时间。美国航天局在抵达通报中提出约二百五十项研究的计划，返航通报则记录了一周科研工作超过一百小时的实际进展。实验还依赖持续补给，驻站期间先后接收了天鹅座、龙飞船及两艘进步货运飞船。
实验依赖日常操作
科研并不只是启动仪器后等待结果。2017年12月26日的运行报告记载，机组给啮齿动物补充食物、清洁栖居设备，转移低温保存的淀粉样蛋白样本，并为细胞培养系统更换培养液袋和废液袋。这些步骤分别服务于肌肉退化、蛋白聚集和长期细胞培养研究，样本仍须结合地面分析才能形成结论。
同一天的工作还包括从舷窗拍摄空间暴露涂层，以及记录意大利与尼罗河三角洲影像。米苏尔金等人的飞行总结另列出俄方实验计划共五十七项，其中八项无需机组操作。不同计划采用各自的统计范围，不能把一项航次的科学产出简化成一个相加后的总数。
在舱外维持运行能力
实验室能长期工作，也靠乘员维修硬件。范德海此次完成四次太空行走，工作包括更换和润滑加拿大臂2两端的抓握机构。阿卡巴完成一次太空行走，除润滑作业外，还在机械臂和桁架上安装新摄像设备。
米苏尔金则与安东·什卡普列罗夫在2018年2月共同出舱，为“星辰”服务舱高增益通信天线更换电子设备。这次作业持续八个多小时。机械臂、外部摄像和通信设施的维护，把载人驻站的科学日程与空间站自身的运行条件连接起来。
参考：[6]
脱离、下降与着陆
2018年2月27日，机组恢复飞船自主运行配置并准备返回。联盟MS-06于协调世界时23时08分脱离空间站，第55期远征随之开始。三名返航者的飞行尚未结束：此后还要制动离轨、分离舱段并穿越大气层。
28日02时31分，返回舱在哈萨克斯坦杰兹卡兹甘附近着陆，当地时间为08时31分。三人结束约168天的飞行。飞船完成了人员往返，留在轨道上的合作机组则继续运行空间站。这次任务将一批长期驻站人员安全送达、再安全接回，为实验、补给和维修的接续提供了人员保障。