让研究机构参与本科培养
20世纪50年代，中国科学院已经通过研究实习员和研究生制度培养人才，但现有规模难以满足新兴学科的用人需求。1958年5月9日，科学院党组向国务院副总理聂荣臻提交办学请示，提出利用院内科学家与研究条件，培养一般大学当时还较难大量培养的专门人才。
6月2日，中共中央书记处批准办学报告；6月8日，郭沫若主持筹备委员会第一次会议，确定中国科学技术大学的校名。筹备工作由中国科学院与教育部门共同推进。郭沫若既是科学院院长，也担任新大学的首任校长，使研究机构与学校之间有了直接的组织联系。
从招生计划到正式开学
1958年6月18日的新华社报道公布，学校当年拟在北京、上海、江苏等地招生950人，受教育部与中国科学院双重领导。筹建消息列出的系科包括应用数学和计算技术、自动化、力学、高分子化学和高分子物理等，既有基础理论，也包含具体技术领域。
筹备期间规模继续调整。研究论文所核定的首届招生人数为1634人；9月21日的同期新闻则概称全校有1600名学生，并列出13个系。1958年9月20日，学校在北京举行成立暨开学典礼，郭沫若、聂荣臻等出席。六月的计划人数与九月的实际规模，反映的是不同阶段。
基础课与研究所怎样接在一起
办学方案把学习分成相互衔接的环节：入学后先加强基础课程与实验技能，高年级再到对应研究所参加实习和研究，毕业设计及论文也可在所内完成。科学院的研究人员兼任基础课教师、系主任和教研室负责人，参与专业设置、教学大纲与讲义编写。
这套后来常用“全院办校、所系结合”概括的安排，关键在于同一批科研人员同时参与培养学生。研究所提供专业方向、设备与指导人员，学校组织连续的本科课程，使学生进入研究工作之前先获得数理基础，而不只是接受某项岗位操作训练。
华罗庚课堂上的具体尝试
首届数学系学生杨德庄回忆，他在入学后的第一堂数学课见到华罗庚和助手王元；除了新生，还有科学院和北京其他高校的教师前来听课。这个场景说明，科学家为本科生讲基础课，是建校初期实际发生的教学活动。
杨德庄还记述，华罗庚重新组织基础课内容，把闰年闰月计算、力学等实例放进课堂，并带学生从劳动和生活中观察数学问题。例如，先到水渠洗工具再回住处，怎样选择全程最短路线，便被用来提醒学生区分局部方便与整体最优。应用问题由此成为联系数学训练与实际观察的材料。
参考：[6]
资源调配与学生资助
初期学校的办学资源主要依靠科学院组织调配。2013年的校史专版记载，各研究所与系科对口合作，提供人员和科研条件，每年到校授课的科研人员达300人次。
具体的资金用途可以从留下的书信看见。1959年11月23日，郭沫若致信党委书记郁文，捐出两万元稿费收入，用于学生福利，特别照顾衣被不足者。1961年12月，校党委给钱学森的感谢信记载，学校收到其捐款11500元并为学生购买计算尺。这些捐款补助学习与生活所需，属于早期办学中的学生支持。
合并与迁校是后续阶段
1959年，中国科学情报大学并入中国科大，成为科技情报系；同年，中国科大被列入全国重点学校。1963年7月，首届学生毕业，初创时关于本科课程、研究训练和人才输送的安排，开始形成完整的培养周期。
1970年初，学校从北京迁往安徽合肥，人员与物质条件发生重大变化，随后重新建设教学科研体系。北京创办、情报大学并入和合肥迁建，各有不同背景与时间。1958年节点所对应的，是一所依托科学院研究资源的新大学正式开始办学。