英法竞争中的远征目标
拿破仑远征埃及始于1798年，是法国督政府批准、由波拿巴指挥的海外军事行动。埃及当时仍处于奥斯曼帝国的政治框架内，但当地实权主要掌握在穆拉德贝伊和易卜拉欣贝伊等马穆鲁克首领手中，这次入侵并非两个现代民族国家之间的战争。
法国既看重埃及的粮食、原料与贸易，也希望凭借对埃及的控制威胁英国在东方的商业利益及通往印度的陆路联系。这里的交通目标早于现代苏伊士运河，并非争夺一条已经开通的运河。5月19日，远征军主力由土伦启航，途中夺取马耳他，7月1日在亚历山大附近登陆。
夺取开罗与海上失败
7月2日，法军占领亚历山大，随后向尼罗河和开罗推进。7月21日的金字塔战役击败马穆鲁克军队，法军不久控制开罗。穆拉德退向上埃及，易卜拉欣等人转往叙利亚。首都失守打破原有统治中枢，却没有使整个埃及立即变为安全的法国占领区；上埃及和其他地方仍存在武装抵抗。
8月1日开始的阿布基尔海战中，霍雷肖·纳尔逊指挥的英国舰队重创停泊在海湾中的法国舰队。陆上的胜利因此没有转化为稳定的海上补给与战略优势。奥斯曼政府随后与英国共同反对法国占领，波拿巴面对的不再只是埃及境内的马穆鲁克首领。
军事统治、地方议事机构与反抗
占领当局试图借助开罗的乌里玛、谢赫及其他地方精英建立议事机构，处理行政与社会事务。波拿巴对伊斯兰的公开尊重，也是争取合作的政治手段。埃及史家贾巴尔提的记载，经艾哈迈德·优素福转述，保留了法国人与地方人士协商任命及分配职权的过程。
这些机构不是独立掌权的国民议会。波拿巴1798年10月4日致蒙日、贝托莱的信要求征询地方人士对司法、财产、税收及各省议事机构的意见，但同时把最终支配权归于征服者。征询意见和保留当地精英，与法国军队掌握决定权并不矛盾。
合作也没有阻止反抗。10月21日至22日，开罗发生以爱资哈尔清真寺一带为中心的起义，法军实施严厉镇压。法国方面将远征包装为改革或解放，当地居民却可能把它视为外来占领。开罗议事机构一度在起义后被解散，年底又被恢复，显示其存续受军事当局支配。
随军调查及其出版延续
随远征军抵达的科学与艺术委员会包括工程师、自然学家、建筑师、医生和绘图人员。1798年8月，法国人在开罗设立埃及研究院。调查既涉及古代遗址，也涉及当时的建筑、生产、习俗以及动植物，活动范围随军队推进和考察任务展开。
这些成果不能与战争背景分离。调查者在军事占领条件下工作，对埃及的记录也带有法国学术与政治视角。归国后的材料后来汇成《埃及志》：1799年克莱贝尔已推动集体编纂，1802年法国政府决定资助出版。它是远征之后延续多年的编辑工程，不是1798年已经完成的一套著作。
占领的终结与历史解释
1799年，波拿巴向叙利亚方向进军，未能攻克阿克，随后退回埃及；同年8月，他本人返回法国，把军队交给克莱贝尔。法军并未随他一同撤离。克莱贝尔遇刺后由梅努接掌指挥，直到1801年英国与奥斯曼军队联合进攻、法军陆续投降，占领才告结束。
远征削弱了马穆鲁克的力量，并加深欧洲列强对埃及战略地位的关注，但不能据此把埃及的近代转变完全归功于法国。玛丽·安·费的历史综述指出，18世纪后半叶埃及内部已发生权力整合与对外贸易变化。1798年是外来军事干预的重大转折，并非一个此前与外界隔绝的社会被突然“开启”。