两强竞争与邦联危机
德意志邦联内部长期并存普鲁士和奥地利两个强国。两国虽在1864年共同对丹麦作战，却没有消除在德意志事务中的竞争。1865年的加施泰因协定将石勒苏益格交由普鲁士管理，荷尔斯泰因交由奥地利管理；两个公国的最终安排随后成为冲突焦点。奥地利主张交邦联议会处理，俾斯麦则指责奥方破坏既有安排。
1866年4月，普鲁士同意大利结成针对奥地利的军事同盟。6月7日，普军进入荷尔斯泰因；14日，邦联议会通过奥地利提出的军事动员决议，普鲁士随即宣称邦联关系已经终止。战争双方都包括多个政治主体：巴伐利亚、萨克森、汉诺威等站在奥地利一边，若干北德邦国及汉萨城市支持普鲁士。冲突既涉及两国霸权，也使原有邦联的共同安全制度陷于崩溃。
波希米亚决战与其他战线
普鲁士利用铁路、电报和分路行军，将大批部队集中到波希米亚。萨克森军队撤入当地后，与奥地利军队共同作战。7月3日，毛奇指挥体系下的普鲁士各军在克尼格雷茨会合，击败贝内德克统率的奥萨联军。奥军向东南退却，普军随后经摩拉维亚继续推进，但补给困难和霍乱也限制了进一步行动。
克尼格雷茨并非整场战争唯一的战场。美因河地区的德意志邦军与普军继续交战到7月下旬；意大利军队则在6月24日库斯托扎陆战和7月20日利萨海战中失利。奥地利在意大利方向的胜利未能抵消波希米亚主力战败的后果，外交谈判开始决定战争的收束方式。
从预备和约到布拉格和约
7月26日签订的《尼科尔斯堡预备和约》确定和平基础，8月23日《布拉格和约》将其落实为正式条款。第四条确认原德意志邦联解体，并由奥地利同意在没有奥地利帝国参加的情况下重组德意志。奥地利承认普鲁士将在美因河以北建立较紧密的联合；对南部邦国，条约仍保留独立的国际地位及另行联合的可能。
第五条将奥地利对石勒苏益格、荷尔斯泰因的权利转交普鲁士。第六条保留萨克森王国的领土范围，同时将其战争赔偿及未来与北德联合的关系交由另约处理。第十一条列出四千万普鲁士塔勒的战争费用，经两项扣除后实际应付二千万。条约还安排俘虏释放、占领军撤出和旧邦联财产清算，政治重组伴随着具体的军事与财政善后。
参考：[4]
领土兼并与新的政治格局
奥地利没有被普鲁士吞并，但失去了参与德意志新联合的地位。汉诺威、黑森选侯国、拿骚和法兰克福的处境更为严厉，它们被普鲁士直接兼并，普鲁士本土与西部领地之间的空间联系因而加强。萨克森则继续作为王国存在，显示战败邦国的结局并不一致。
普鲁士与北德诸邦于8月订立联合条约，南部邦国则分别与普鲁士达成和约和同盟。意大利虽然在主要战斗中失利，仍通过战后外交取得威尼斯地区，奥意之间另于10月订立《维也纳和约》。在普鲁士国内，军事胜利也改变了议会斗争：9月众议院追认此前未经正常预算授权的军费支出，俾斯麦因此缓解了长期的宪政冲突。1866年的直接成果是邦联瓦解和普鲁士优势确立，新的政治联合仍须经过进一步制度安排。