东京专门学校的创办
1881年离开政府后，大隈重信推动设立新的私立学校，小野梓等人参与课程及教育组织的准备。大隈购置土地、提供经费，并参与重要事项讨论。东京专门学校于1882年10月21日开学，最初设置政治、法律、英语和物理等学科。
大隈早期并未列入学校主要职员名单，也较少出席正式活动，而是在幕后提供支持。校地位于其住宅附近，“早稻田学校”与“户冢学校”等称呼曾并用。1902年，学校正式改名早稻田大学，名称沿用周边地名和早已形成的社会称呼。
学科扩展与大学制度认可
学校1890年增设文学教育，后来扩展教育、商学和理工等学科。1905—1910年曾开设面向中国留学生的专门教育机构，反映明治后期跨国教育联系的一部分。图书馆、研究设施与不同层次课程也随学生和学科组织发展。
1902年采用大学之名，与1920年依据大学令获准设立大学，是制度沿革中的不同节点。后者设政治经济、法、文、商、理工五个学部，并安排相关预备教育。校名、学术活动与法律认可各有具体时间，不能仅凭名称便把整个办学历史视为同一种法定组织。
办学宗旨与战后重建
1913年，大隈公布校方新制定的教旨，由高田早苗、坪内逍遥、市岛谦吉等人参与起草，强调学问独立、学问活用及培养良好公民。教旨把研究自由与知识应用并列，成为学校说明教育目标的正式文本；这是多年办学后形成的纲领，而非1882年开学时已经原文存在的文件。
1945年空袭破坏多处校舍及研究设施，学校随后重建。1949年按战后新学制设置四年制大学课程，1951年、1953年分别扩展新制硕士和博士教育。早稻田的机构延续因此包含战时破坏、重建以及国家教育制度改组的过程。