反对Malayan Union的组织汇集
英国战后重组马来半岛行政，触及各邦统治者权力和居民公民资格。1946年3月1日至4日，马来团体在吉隆坡举行大会，由柔佛的达托·翁·惹化主持，讨论建立统一组织、反对Malayan Union以及教育基金等事项。抗议由分散团体逐步汇集为协调行动。
巫统正式成立于1946年5月11日的新山大会，会议通过组织章程，达托·翁成为领导人。其英文缩写UMNO成为通称，PEKEMBAR则是马来文名称的另一简称。党史把成立叙述为马来团结的成果；研究同时指出，反对运动结合了统治者地位、族群政治权益以及对英国磋商方式的不满，不能仅归结为一场预定走向独立的运动。
从团体联合到政党组织
1948年马来亚联合邦取代Malayan Union，撤换原方案并未结束巫统的活动。组织的任务逐渐从抵制一项殖民改革，转向争取政治代表和参与治理。党史记载，1949年章程调整容许个人直接登记入党，并形成中央、州、区部和支部的层级，改变了原先以各协会联合为主的方式。
如何跨越族群边界成为领导层分歧。达托·翁希望向非马来人开放组织，但未能获得足够支持，1951年离开巫统并组织马来亚独立党；东姑阿都拉曼接任巫统领导。随后形成的合作不是把不同族群政党熔为一党，而是保留各党身份、协商候选人和政治纲领的联盟方式。
联盟选举与独立谈判
巫统与马华公会的合作在1952年吉隆坡市政选举中取得成功，后来又纳入印度国大党，形成联盟党（Alliance，Perikatan）。1955年7月联邦选举中，联盟在52个竞选席位中取得51席。这个数字属于联盟整体，而不是巫统一党取得51个席位。
选举结果强化了东姑阿都拉曼及其盟友的谈判地位。1956年伦敦会议就独立进程和制宪工作形成安排，随后由里德委员会等推进宪法制定。1957年英国议会讨论独立法案时，把联盟、各邦统治者及宪制协商分别列为权力移交的参与方。巫统发挥核心作用，却不是国家成立的唯一法律主体。
政党、联盟与国家的不同延续
马来亚于1957年取得独立，马来西亚则在1963年形成新的联邦组合。巫统作为政党可以参与政府和选举，但国家、宪法机关与政党并非同一组织。1974年成立的国民阵线（Barisan Nasional）也是由多个政党组成的联盟，不能把国阵与巫统作为可互换的名称。
巫统的组织登记也经历过断裂。其年表记载，1988年法院因未登记支部代表参与有关党内选举程序而认定原组织不合法，随后提出UMNO（Baru，新巫统）的注册申请。因此，追溯1946年以来的政治传统，与认定组织登记从未中断，是不同的问题。成立史、政党联盟史和国家宪政史，虽紧密交织，仍须分别理解。