国家收藏与考古发掘
博物馆的早期收藏活动由伊拉克王国官员、格特鲁德·贝尔及考古工作者共同推动。关于建馆年份，部分机构史追溯到1923年的初期陈列，另一些介绍以1926年为起点；这些记载涉及收藏、馆舍和正式建制的不同环节。
1924年古物法下，发掘所得仍可在伊拉克与外国考古机构之间分配，博物馆在这种制度中逐步积累藏品。1966年启用的现代馆舍把陈列、古物行政办公室、修复实验室、库房与图书馆集中起来，并纳入阿拉伯古物收藏，扩大了机构的历史覆盖范围。
展品背后的信息链
馆藏包括苏美尔、阿卡德、巴比伦、亚述以及伊斯兰时期的文物。瓦尔卡礼器和人面雕像、尼姆鲁德出土的亚述材料、萨迈拉的九世纪灰泥装饰，分别体现宗教仪式、王权与城市艺术等不同历史背景。它们来自不同社会，不能被展陈顺序误读为一个政权连续统治数千年。
收藏工作不仅要保存器物，还须维护出土地、发掘编号、材质、修复和调拨等记录。博物馆自身的机构说明强调，每件物品的身份必须受到保护。没有记录的文物即使保存完整，也会失去许多解释和追索所需的信息。
战争中的转移与2003年劫掠
两伊战争及1990年代的战争威胁使陈列反复拆卸，一部分贵重藏品曾转入中央银行库房。2003年开战前，工作人员隐藏可移动展品和重要档案，并用沙袋保护大型浮雕。前馆方负责人尤汉纳的回忆显示，这些措施依赖少数工作人员在危险环境中的实际操作。
2003年4月，博物馆在巴格达陷落后的劫掠中遭受严重损失。联合国教科文组织2015年的说明援引馆方估计，失窃约1.5万件，其中包括约5000枚滚筒印章；这一数字是当时的估计口径，不是此后所有失窃及追回文物的实时净额。事先隐蔽保存的文物与真正被盗的物品也必须分开清点。
修复、登记与重新开放
重建包括展厅修复、实验室恢复和人员培训。意大利合作项目重新组织亚述与伊斯兰展厅的照明及建筑构件展示，日本资助的项目帮助修复实验室并训练工作人员。2015年博物馆重新开放的意义，不只在于参观者再次入场，也在于恢复教育和专业保护功能。
尤汉纳在2010年的评论中指出，库藏不断增加、人员不足及安全恶化妨碍了完整登记；2004至2006年的数据库培训也没有立即解决现场实施困难。追回文物需要照片、编号与档案匹配，而持续盗掘又不断带来缺少考古背景的新物品。博物馆因此同时承担保存既有收藏和应对全国文化遗产损失的任务。