遗址与文明的名称
哈拉帕遗址位于今巴基斯坦旁遮普地区、拉维河一条旧河道的南侧，由多处人工堆积的土丘、墓地及埋藏在农田和现代聚落下的遗存组成。这些土丘主要来自历代房屋、街道和填土的反复叠压，而不是一组原本就高出平原的山丘。
“哈拉帕文明”是印度河文明的另一常用名称，得名于考古学界较早辨识其文化遗存的哈拉帕。这一名称涵盖的范围远大于单座城市，也不是已经辨明国号和王朝世系的古代国家名称。遗址、同名现代聚落与整个考古文化，分别属于不同层次的对象。
河流为居民提供水源、水生食物和交通条件。遗址的早期居住层属于公元前第四千纪；约公元前2600至1900年的成熟哈拉帕阶段，聚落扩展到百余公顷。年代序列来自地层关系、器物比较与放射性碳测年，代表不同阶段的变化范围，并非一座城市在某一年突然建成。
从印章线索到系统发掘
亚历山大·坎宁安在十九世纪中叶多次访问哈拉帕，1872至1873年又进行了小规模发掘。他发表的一枚带有动物图案和陌生符号的印章，引起了持续的学术注意，但当时尚未识别出这是一种早于孔雀王朝的城市文明。与此同时，遗址砖块被大量拆取用作铁路材料，使后期建筑层遭到严重破坏。
1920至1921年，达亚·拉姆·萨赫尼在AB丘和F丘展开大规模发掘。哈拉帕与摩亨佐-达罗的发现相互参照，促成了对印度河城市文明的认识。此后马多·萨鲁普·瓦茨继续工作，并于1940年出版主要发掘成果。早期研究的记录并不完整，部分发掘仅留下简短报告，这也限制了后来的复原。
1946年，莫蒂默·惠勒研究围墙、墓地和下层堆积，辨认出成熟城市之前的科特迪吉类型陶器。1966年，穆罕默德·拉菲克·穆格尔继续发掘R37墓地。1986年，乔治·戴尔斯和乔纳森·马克·凯诺耶主持的新项目与巴基斯坦考古部门合作，逐步把地层、环境、工艺和人骨等研究结合起来。
多个分区构成的城市
哈拉帕的城市格局是逐步形成的。拉维阶段的早期居民已经加工玛瑙珠；科特迪吉阶段出现了印章、带符号的陶器和标准化砝码，AB丘与E丘分别形成有围墙的聚落。成熟阶段的建筑延续部分早期方向，又增加大型砖墙、住宅台基、街巷及生产设施。
各区并非同时开始密集居住。2000至2001年发掘报告认为，F丘一带曾被取土，随后堆积垃圾和建筑废料，到成熟哈拉帕阶段中期才出现较大规模的居住与围墙。E丘的发掘则揭示住宅、街道、窑炉和多次修补的外围墙；部分墙体兼有挡土作用。
不同土丘各自围合，却并非彼此隔绝。E丘与F丘等区域出土的同类铭文小牌，显示它们在某些阶段同时使用，并存在人员或物品交流。E丘东侧的建筑层还显示墙体方向和街道安排经过调整。因此，整座城市并不是一次铺设完成、以后始终不变的统一棋盘。
手工业、解释与保存
E丘发现的作坊废料包括滑石片、钻孔珠料、釉砂珠和带字小牌，表明同一生产区加工多类物品。一些未完成的滑石小牌与模制釉砂小牌在符号上对应，帮助研究者讨论模具和成品之间的关系。物品在城内的分布能够揭示生产与交流，却尚不足以逐一确定铭文内容或行政机构。
早期考古学家曾以“粮仓”和谷物加工设施解释F丘的部分遗构。后续发掘对圆形砖台周围的植物压痕作了显微观察，辨认出的是秸秆，而非脱粒加工留下的谷壳等副产物；这一结果未能支持原有的谷物加工解释。遗构形制的观察与其具体用途的判断，因而保持着不同程度的确定性。
约公元前1900年以后，城市进入转型，H墓地所代表的晚期遗存成为重要线索。由于上层被侵蚀和拆砖，晚期居住的终止时间仍难准确确定。遗址后来又叠加寺庙、清真寺、驿站等不同历史时期的建筑。近代灌溉引起的盐害以及发掘后砖墙暴露造成的损坏，使保存本身成为持续问题；2004年巴基斯坦把哈拉帕列入世界遗产预备名单，这一申报身份与正式列入世界遗产名录不同。