从植物细胞内容物开始
申佩尔在斯特拉斯堡随安东·德巴里研究，1878年博士毕业后继续观察叶绿体和淀粉粒。1882年回到欧洲后，他在波恩与爱德华·施特拉斯布格共事，研究植物细胞的解剖、生理及内部结构。
参考：[1]
考察植物与生境的关系
他多次到热带地区研究，考察特立尼达、委内瑞拉、巴西、锡兰和爪哇等地。关于热带美洲植物与蚂蚁相互关系、附生植物及印度—马来海岸植物的著作，关注植物怎样在具体环境中生存与适应。
参考：[1]
以生理学组织植物地理
1898年出版的《以生理学为基础的植物地理学》，将植物的分布同生活条件及生理适应联系起来。他也参与1894年植物学教材的编写，把细胞研究、植物类群知识和地理考察纳入教学。
参考：[1]
巴塞尔与瓦尔迪维亚考察
申佩尔1898年获巴塞尔大学教授职位，并参加瓦尔迪维亚深海考察，研究海洋浮游植物。回国后，他整理考察资料并管理植物研究机构和植物园，1901年因旅途中感染的疾病去世，部分材料未能完成整理。
参考：[1]