既有港口与公司的据点需求
荷兰东印度公司建立巴达维亚，发生于1619年的爪哇北岸，即今雅加达老城所在的芝利翁河口。这里原有查雅加达港口与居民，并非公司的海外贸易开辟了一处无人占有的空地。河口联系海上航路与内陆，为货物集散和补给提供条件。
公司希望在亚洲拥有稳定的商贸会合地点，尤其服务于香料贸易及其垄断目标。科恩在1618年把查雅加达附近既有的公司仓库改筑为堡垒。商站军事化意味着公司不再只依靠地方权力许可经营，而开始寻求能够由自己防守和控制的基地。
1619年的征服与旧城破坏
在与当地统治者冲突后，科恩摧毁查雅加达，建立带有堡垒的新港城。荷兰国立博物馆收藏的1651年巴达维亚纹章画板，铭文把公司夺取该城的日期记为1619年5月30日。画板虽不是战斗现场记录，却保存了公司统治时期对征服日期的明确纪念。
铭文以征服者的立场叙述城市归属，不能代替当地居民对战争与失去家园的经历。国家档案馆关于旧城被毁的说明，与画板所表达的占领相互印证。所谓“建立巴达维亚”，因此同时包括夺取已有聚落、破坏旧城和重建公司城市，不能只理解为港口改名。
城市命名与新的统治中心
科恩原希望以故乡荷恩为名，把新城称为“新荷恩”。荷兰国家档案馆公布的公司董事会决议转写则说明，十七人董事会决定城堡和城市使用“巴达维亚”之名。该段决议引用总督1620年5月11日来函，并追述1617年的既有决定，显示当地建城和荷兰总部确认名称是相互联系而非完全同步的程序。
巴达维亚成为总督与印度理事会的驻地，公司从这里统筹亚洲业务。荷兰东印度公司拥有军队，并获得缔约、作战和管理领地的授权，故新城的仓库、办公设施和城堡并非各自独立的功能：货物集中、武装防御与殖民行政在同一据点结合。1619年建立的是公司在亚洲的中枢，不是公司已经征服整个爪哇或今日印度尼西亚的证明。
从建城事件到持续建设
科恩时期开始兴建城堡、船坞、仓库和办公设施，但不能把后来成熟的城市面貌全部放回1619年。ICOMOS对雅加达老城的评估指出，巴达维亚的贸易管理机构在1619年后集中于此，城市建设则持续推进；东侧仓库等具体建筑形成于此后数十年。
城市借河流和运河组织运输，以街区、仓储与防御工事连接海港和陆地。其后来成为公司重要转运港的地位，是征服后持续投资、行政集中和区域贸易组织的结果。1619年的关键转折，在于一个原有爪哇港口被改造为武装商业公司的统治中心，随后的城市扩张属于在这一基础上展开的另一阶段。