从海岸进攻首都
美军在美墨战争中并非只有一条进军路线。扎卡里·泰勒在墨西哥北部作战，斯科特则从墨西哥湾沿岸的韦拉克鲁斯向内陆推进，目标是夺取首都并迫使墨西哥接受和平条件。这一路线把夺城作战与维持漫长补给交通连接起来。
1847年8月，美军逼近墨西哥城，墨方集结正规军和国民警卫队防守城外通道。帕迪尔纳、丘鲁布斯科等战斗之后，双方一度谈判，但未能达成和约。9月战事恢复，莫利诺德尔雷和查普尔特佩克成为美军进一步攻入城市的关键战场。
城堡陷落与进入城区
查普尔特佩克城堡当时设有军事学院，也是墨军防御据点。9月12日，美军炮击高地；13日，城堡在攻击中失守。参加防守的既有军事学院人员，也有正规军部队，不能将整场战斗缩减为少数军校生独自对抗入侵的故事。
9月14日，美军占领墨西哥城，并在国民宫升起美国国旗。查普尔特佩克的陷落与次日首都被占，是紧密相接而非同一天的事件。控制国民宫具有强烈的政治象征意义，但首都的军事失守没有使墨西哥立即变成美国领土，也没有令战争自动终止。
占领并不等于平静
美国陆军史家斯蒂芬·卡尼记载，美军入城后仍遭遇居民等人以枪械、石块和其他武器进行的抵抗。占领军对藏有抵抗者的建筑使用近距离炮火；较大规模街头交战受到压制后，针对零散士兵的袭击仍然继续。城市被夺取与居民接受占领，显然不是同一回事。
斯科特还必须保护通往韦拉克鲁斯的交通，增设驻军、护送车队，对抗墨西哥的非正规武装。卡尼从美军占领行动的角度强调这些后勤困难，也记述了美军的破坏和报复。占领区外的反抗不等同于一般犯罪；军方宣称恢复秩序，也不足以证明居民一致支持占领。
占领统治同时涉及司法权。斯科特在此前发布的第二十号命令中，以军事委员会处理包括侵害平民、盗窃和破坏教堂在内的行为，适用对象不只美军士兵。它既试图约束军纪，也把当地居民置于占领军的强制管辖之下。
参考：[1]
军事压力下的和约
首都失守成为此后和平谈判的重要背景。美国代表尼古拉斯·特里斯特与墨方代表于1848年2月2日签署《瓜达卢佩—伊达尔戈条约》。条约重划国界，墨西哥放弃对得克萨斯的主张并割让北部广大地区，美国承担付款等义务；这些法律安排不是1847年9月升旗行为本身产生的领土转移。
签署也不等于占领军立即撤离。美国参议院3月10日提出同意批准及修正，双方5月30日在克雷塔罗交换批准书。条约第三、第四条把撤军与批准、交换及命令送达相联系，明确要求归还新边界内仍属墨西哥的占领地点。对墨西哥城而言，这场事件是首都遭军事控制及其政治后果，而非整个共和国被永久吞并。