没有解决的王位继承
葡萄牙王室自1578年起陷入继承危机。到1580年1月恩里克国王去世，正在举行的三级会议也未能消除争执。部分第三等级代表拒绝依摄政机构要求散会，显示争论不仅关乎哪位王族继位，也涉及谁有权代表王国作出决定。
主要竞争者各有王族血缘依据。西班牙国王腓力二世经母亲伊莎贝尔，是葡萄牙曼努埃尔一世的外孙；克拉托修道院长安东尼奥也属于曼努埃尔的后裔，并于1580年6月自立为王。布拉干萨公爵夫人卡塔琳娜的继承权同样受到拥护，后来成为布拉干萨王朝解释自身合法性的关键。
阿尔坎塔拉的军事决定
腓力二世没有仅等待法律争论结束，而是派阿尔瓦公爵率军进入葡萄牙。1580年8月25日，两方军队在里斯本附近的阿尔坎塔拉交战，安东尼奥一方战败，通向首都的道路被打开。圣克鲁斯侯爵指挥的舰队也参与了这场争夺，王位继承由此获得决定性的武力结果。
军事失败使安东尼奥无法在葡萄牙大陆稳固王位。腓力二世随后以葡萄牙国王腓力一世的称号统治这个王国。同一个人在不同王冠下使用不同序号，正反映出新秩序的性质：王位集中于一位君主，并不意味着葡萄牙作为王国的身份消失。
托马尔会议与王国的保留
1581年，托马尔三级会议确认腓力的王位。葡萄牙的三级会议包括教士、贵族及由城镇派出的代表，具有处理继承、请愿与财政事务的传统；它不是普选产生的现代议会，城镇代表主要来自地方精英。新君与各等级的宣誓，属于既存王国政治程序。
托马尔的安排承认葡萄牙作为政治实体的完整性及其法律特权。因而，“伊比利亚联邦”若被理解成统一立法、统一行政的联邦国家，便会造成误解。较准确的概括是多个王国共享君主的王朝联合，葡萄牙进入哈布斯堡复合君主国，同时保留自身制度上的特殊地位。
联合的范围与争议
新王朝关系把伊比利亚两大海外帝国的最高权威集中在一人手中，但当地社会并未因此变成均质空间。关于大西洋群岛的研究表明，跨王国贸易、亲族与互助联系本已存在；王朝联合加强了若干联系，却仍须经过各地机构与利益网络才能落实。法律上的区别与实际往来，可以同时存在。
1641年为布拉干萨王朝辩护的三级会议决议，回顾1580年时强调武力夺位，并指控后来君主侵害葡萄牙特权。这是一份为终结哈布斯堡统治论证正当性的政治文书，而不是中立的继承裁判。它也说明，从1580年的军事胜利到1581年的制度承认，联合始终包含有关继承权、王国同意及统治条件的争议。