从边境冲突转向有限协定
1939年的诺门坎战事使苏蒙军队与日本关东军及其支持的满洲国军队发生大规模冲突。战后，苏联需要防备欧洲局势恶化，日本则在继续侵华和向南扩张之间安排兵力。双方虽然彼此警惕，却都有减少两面作战风险的理由。
日本外相松冈洋右希望把德、意、日三国合作扩大为包含苏联的四国安排。1941年春，他在访问柏林和罗马前后途经莫斯科，与苏联外交人民委员维亚切斯拉夫·莫洛托夫及斯大林会谈。北库页岛日本石油、煤矿利权等问题一度阻碍谈判；最后达成的中立协定范围较窄，没有实现松冈设想的四国政治组合。
签字不等于当日生效
1941年4月13日，莫洛托夫与松冈洋右、日本驻苏大使建川美次在莫斯科签署条约。文本用俄文和日文制成两份，规定还须经过批准。斯大林当天到车站为松冈送行，公开显示苏方重视这一安排，但送行仪式本身不产生条约效力。
第三条把生效点放在双方完成批准之日，第四条要求尽快批准并在东京互换批准书。美国驻苏大使劳伦斯·斯坦哈特4月26日的报告确认，条约从4月25日起生效；日俄联合文献集也将4月13日签署与4月25日批准分列。因此，这两个日期对应不同的外交程序。
四条正文与一份附加声明
第一条规定保持和平友好关系，并相互尊重领土完整与不可侵犯。第二条是核心：一方成为一个或多个第三国军事行动的对象时，另一方在冲突全程保持中立。条文没有建立共同作战义务，也没有让双方自动加入对方的军事阵营。
第三条规定五年期限；如果任何一方都未在届满前一年通知废约，条约自动延长五年。同日另有附加声明，苏联承诺尊重满洲国的领土完整与不可侵犯，日本对蒙古人民共和国作出相同承诺。这使日本控制下的中国东北和苏联支持的蒙古成为两国相互约束的具体空间，却没有解决中国对这些安排的主权立场问题。
战争中的中立有赖持续选择
1941年6月德国进攻苏联，松冈的四国构想随之失去现实基础。日本内部并未因此彻底放弃对苏用兵设想，关东军仍有进攻准备；不过准备没有转变为对苏全面战争。斯拉文斯基在外交史研究中尤其区分作战计划与实际实施，避免用前者代替对条约履行的判断。
同年12月日本与美英开战后，苏日两国分处彼此盟国的对立面，却继续保持外交关系。中立降低了苏联在远东同时开战的风险，也减轻日本向南作战时的北方压力。两国仍通过外交渠道交涉利权、贸易与安全问题，关系的维持来自各自战略取舍，而非相互信任已经建立。
1945年通知不续约
1945年4月5日，莫洛托夫召见日本驻苏大使佐藤尚武，宣布苏联不愿延长条约。苏方声明称，德国已经进攻苏联，日本作为德国盟国援助德国，又同苏联的盟国美英作战，因此订约时的情势已经改变。哈里曼当天的电报保留了这份正式声明。
这项通知援引的是第三条关于提前一年通知的规定，不能直接等同于4月5日条约立即失效。原定五年有效期仍指向1946年4月。日本随后希望苏联继续保持中立，甚至充当结束战争的中间人；苏联却已在雅尔塔同美英约定，德国投降、欧洲战争结束后两至三个月参加对日作战。
宣战终结了中立关系
1945年8月8日，苏联向日本宣布自次日即8月9日起处于战争状态，随后对满洲日军展开进攻。苏联宣战声明强调盟国要求、结束战争及日本未接受投降条件，并表明日本寻求苏联调停的努力已失去基础。中立关系由此在五年期限届满前破裂。
条约的历程显示，书面义务与实际战略可以暂时并存，也可能在战争终局分离。1941年的协定曾让两国避免立即互相开战；1945年的不续约通知、秘密参战承诺与公开宣战则属于不同步骤，不能压缩成一次所谓自然到期。