参与筹划与人员转入
冶金实验室（Metallurgical Laboratory）主任Farrington Daniels回忆，他在1945—1946年与Arthur H. Compton、Norman Hilberry反复商议战后安排：既发展核能和平用途，也让中西部大学共享人员、设备及经验。Daniels返回威斯康星大学，由Walter H. Zinn担任新实验室首任主任。人员转入时已有专业分工，包括化学部门的Winston Manning、冶金部门的Frank Foote，以及负责图书与记录的Hoylande Young。研究组织的延续既包含科学人员，也包含保存和传递资料的工作。Daniels将创设过程描述为把旧冶金实验室的资产转给新机构，因而不能只看新名称，而忽略人员与设备的延续。
参考：[1]
把大学合作写入组织安排
1946年4月19日，芝加哥大学（University of Chicago）接受运营阿贡国家实验室（Argonne National Laboratory）的函件合同。6月13日，24所中西部机构的代表提出组织及运行政策说明，Leslie R. Groves将军领导的曼哈顿工程区（Manhattan Engineer District）表示将据此谈判正式合同。Hewlett与Anderson的机构史指出，保密限制拖慢了合作大学的实际参与；与此同时，冶金实验室留下的人员继续推进研究。制度上安排共享与外校人员实际进入工作，因而并不是同一步骤。
参考：[2]
经费与一项设备申请
1946年6月，管理委员会（Board of Governors）为政府出资的实验室核准1947财政年度研究计划及750万美元拟议运行预算；曼哈顿工程区保留对计划和预算的最终批准权。研究目标兼顾反应堆与粒子加速。实验室提出建造Van de Graaff静电发生器，管理委员会建议批准，工程区再将申请交研究与开发咨询委员会审议，获准后才授权建造安装。另据10月7日会上提出的合作进展报告，合作大学已有约20名科学家与顾问参与正在进行的研究。
参考：[3]
成立与新址建设的先后
前身冶金实验室1942年1月设于芝加哥大学，早期反应堆于1943年初迁至Palos Park。阿贡国家实验室1946年7月1日正式成立时尚未建成杜佩奇县（DuPage County）新园区。新址1947年1月获美国原子能委员会（United States Atomic Energy Commission）批准；楼房1948年开工，东区1949年完成。最初一年半主要从事基础研究和开发；1948年才增加主要反应堆开发中心的职责。
参考：[4]