两所寄宿学校合为书院
上海圣约翰大学的起点是1879年创设的圣约翰书院。根据学校1918年刊行的学年目录，发起者为美国圣公会上海主教施约瑟，即Samuel Isaac Joseph Schereschewsky。新校将圣公会原有的Baird Hall与Duane Hall两所寄宿学校合并，沿用了既有教育工作积累的人力与学生来源。
施约瑟先在美国募款，传教委员会随后承诺每年拨给维持费用。办学者取得距当时上海城区约五英里的Jessfield校址，并在那里建造校舍。因此，1879年的创校同时涉及学校合并、海外筹款和新校园建设，后来通称的“大学”身份还没有在这时完成。
参考：[1]
春季奠基与秋季开办
学年目录记载，首幢校舍在1879年复活节后的星期一奠基，到秋季可以使用，并以约七十名学生开始办学。其最初教学语言为中文，1882年又增设英文部。
英文教学很快带来新的招生需求。传教士Elliott H. Thomson在1883年的来信中说明，学校发现有条件招收愿意缴费的学生，他们多来自富裕或有影响的家庭，于是开设英文班。校方先聘专人承担基础教学，再由传教士接续较高阶段的课程。收费、语言学习与传教目标由此联系在一起。
英语和中国经典引起的争论
书院的课程并非教会内部一致认可。1883年7月，George H. Appleton写信批评学校聘用非基督徒教师教授中国经典，并质疑传教人员投入英语基础教学是否合适。争议触及的是经费用途和办学目的：教会学校应把多少力量用于一般教育。
F. R. Graves在答信中为经典教学辩护，认为当时中国的受教育者需要熟悉这些书籍，它们又与科举和公共生活相连；他把英语视作港口交往以及直接接触西方知识的工具。Thomson则记述，随着较高程度的科学课程发展，学校决定让修读完整课程的学生学习英语。这些书信显示，语言转向是逐步协商的结果。
参考：[2]
校园扩展与大学注册
到卜舫济主持学校的时期，校园继续扩建。1908年出版的《二十世纪香港、上海及中国其他通商口岸印象》记载，较大的校舍建于1892年，科学楼于1898年开工、1899年正式开放。教学空间与科学设施在连续扩建中逐步完善。
1902年，增长的入学需求推动第三次扩建；新楼于1903年奠基，次年开放，以中国牧师颜永京的英文姓氏命名为Yen Hall。该书又把1906年1月记为学校依据美国法律注册为St. John's University的时间。创校、扩建和大学法人注册由此形成一条跨越二十余年的过程。
参考：[3]
逐渐形成的教学与研究制度
1918年的学校目录已经分别列出文、理、神学、医学及中国文学历史等课程，并设研究生教育。硕士候选人须具备相当的学士程度，完成规定课程，在主修教师指导下撰写论文，至少在校学习一学年。图书馆将中英文藏书分置，并为查阅参考书提供专门空间。
组织上，传教委员会成员兼任学校董事，上海主教代表董事在中国行使管理职权，校长承担日常行政与教学协调。这种制度保留了创办时的跨国教会联系。由寄宿书院发展出的课程、图书资源和学位培养，说明学校的高等教育形态是在此后的长期办学中逐步形成的。
参考：[1]