常设研究计划落在印度支那
十九世纪末，Auguste Barth、Michel Bréal与Émile Senart等法国印度学者曾计划在加尔各答附近的法属商埠昌德纳戈尔建立研究机构，希望像法国在雅典、罗马和开罗的机构那样，支持长期驻地研究。预算支持未能落实，印度支那总督Paul Doumer的介入才使计划转向另一处殖民地。
1898年12月15日的总督令设立“印度支那常设考古使团”，这就是法国远东学院的组织起点。使团受总督行政管辖，由法国铭文与美文学院负责学术监督。行政权力与学术机构分别掌握资源和研究评议，构成初期运作的双重支柱。本文所述日期均为公历。
章程如何安排研究与经费
章程的研究范围包括印度支那的历史、遗迹和语言，也包括印度、中国、马来地区等邻近文明。主任须参与梵语、巴利语和实用考古教学，训练欧洲及当地听讲者，同时筹建图书馆、博物馆和刊物。刊物还应接纳机构外的成果，研究资源从一开始就不以正式成员为限。
受资助的法国研究成员暂定最多三人，原则上任职至少一年，随后可以逐年延长；个人课题须兼顾使团的共同任务。使团负担其费用，并在预算内设旅行资助专款。1899年3月30日的补充命令按职级规定差旅津贴，并提供免费交通。1921年院史还指出，使团列入1899年度殖民地总预算的科学机构项目。这些安排让驻地调查获得持续的行政和经费支持。
西贡的小型工作队
总督于1898年12月30日任命Louis Finot为主任，Antoine Cabaton先任其秘书，1899年3月正式担任秘书兼图书管理员。殖民军上尉Étienne Lunet de Lajonquière于同年3月31日加入。使团1899年1月抵达西贡，最初办公处只是国家街上的一座小楼。
主任不仅安排出行，也须把各人的工作纳入可检查的计划。章程规定他每年向总督提交报告，说明研究、正在进行及拟议的出版物和成员活动；报告再送交法国铭文与美文学院。Finot于1900年2月1日在河内署成的首份年报，回顾的正是1899年的工作，不能把报告署地当成使团当时的总部。
柬埔寨手稿的收集与协作
1899年4月至7月，Finot与Cabaton在柬埔寨学习语言、研究文献并收集手稿，形成约一百种、三百个分册的早期高棉文藏书。Goloubew后来记述，金边僧团领袖Sangharâj的支持帮助Finot建立这批收藏，Cabaton则继续争取进入王家图书馆。欧洲研究者的出行计划因此须与当地宗教领袖和藏书机构打交道；保存文献、允许查阅的人，也是研究得以进行的参与者。
把调查连接到馆藏和出版
柬埔寨调查同时涉及古迹。使团把巴蒂省塔普伦寺的若干脱离建筑的雕刻运到西贡，准备陈列于未来的博物馆。这种收藏也把物件从原有地点转移到殖民研究机构。手稿、雕刻及其说明汇集到同一处，成为后续整理和比较的材料。
为了学习怎样经营这些设施，成员于1899年8月至9月赴爪哇考察巴达维亚艺术与科学协会的图书馆、博物馆和出版工作，得到J. Brandes、L. Serrurier与J. Groneman协助。1900年，学院又印发协作者手册，以越南语、高棉语和老挝语常用词为参照，留空栏请收件人记录其他语言。回收的册子不多，但把远处分散的观察接入了学院的资料整理工作。
参考：[3]
改名、确认建制与迁址
1900年1月20日的总督令把使团改称法国远东学院（École française d'Extrême-Orient）。1901年2月26日，总统令进一步确认其建制，主任此后改由总统令任命。Finot当年的报告明确把它解释为先由总督令试办、再由总统令确认的两个步骤，因而1898年创设、1900年改名和1901年确认不可混成一个日期。
1901年3月，《法国远东学院学报》第一期由河内的Schneider印刷所印出，定期出版使田野所得进入较稳定的学术交换。学院总部则到1902年才迁至河内，同时继续使用西贡馆舍。这段创建过程形成的是一所依托殖民行政、以长期调查和收藏出版为日常工作的研究机构。