1901年的研究所
创办前，慈善顾问弗雷德里克·泰勒·盖茨向约翰·D·洛克菲勒提出，医学进步需要能够长期工作的研究群体。医生如果缺少薪酬、设备和连续的研究时间，单靠零散的个人努力很难推进研究。洛克菲勒把部分捐赠用于这一设想，纽约由此出现了一个以医学研究为主要工作的机构。
最初的二十万美元由七名医学人士参与安排。他们包括威廉·H·韦尔奇、埃米特·霍尔特、克里斯蒂安·A·赫特和西蒙·弗莱克斯纳。这个团队首先考虑怎样利用现有研究人员及实验室，尚未把购地建楼作为一切工作的前提。
研究所于1901年在纽约成立。这是医学研究机构的设立，永久实验楼、研究医院和学位制度随后才逐步形成。
参考：[1]
从资助研究到设置实验室
创办初期，研究所将资助款交给主要医学院的实验室负责人，在已有设施中开展工作。这种安排让它能够先支持研究，而不必等待自己的房舍落成。盖茨希望进一步建立集中研究的机构，董事们随后拟订方案，争取由一名科学负责人带领固定团队。
1902年6月，洛克菲勒承诺提供一百万美元，用于纽约研究实验室的建造、装备及初期运转。弗莱克斯纳获选主持实验室。1904年秋，小规模研究团队先在东五十街127号的租用房舍工作，研究所开始从分散资助转向自己组织研究。
永久院址设在东河岸边的舍默霍恩地产，位于当时的A大道与河流之间、六十六街附近。1906年5月11日，五层实验楼正式启用，另有动力设施和辅助建筑。1901年的机构成立、1904年的临时实验室和1906年的永久建筑，是相继展开的三个阶段。
参考：[1]
围绕研究组织人员
实验楼为病理学、生理学、药理学和生物化学提供工作空间，后来又增加其他研究方向。洛克菲勒在1907年再提供二百五十余万美元的永久捐赠基金，使机构逐步获得比临时资助更稳定的物质基础。到1910年，机构设置了理事会和科学董事会来管理基金，研究工作之外也有了相应的经费管理安排。
乔治·W·科纳的机构史记述，董事们认为组建队伍之前，须先找出愿意从事研究的年轻人并考察其资格。训练主要在初级研究者与资深人员的共同工作中进行；正式教学尚未成为常规职责。1906年末曾安排一门短期课程，但这种尝试没有延续。这里存在学习和训练，却还不是后来按学位制度招生的研究生院。
共享的阅读与讨论空间
研究活动也需要共享的阅读和讨论空间。《医院》杂志特派记者在1910年的现场报道中，把图书馆、集会室和董事会议室列为主楼首层的组成部分。食堂与供夜间留宿的房间则使研究人员能够在楼内长时间工作。报道所见是1910年前后已形成的设施，而非1901年的初始配置。
参考：[3]
医院与学位制度的后续发展
1908年起的新捐赠为医院建设提供经费。医院和隔离病楼于1910年启用，由鲁弗斯·科尔负责。医院只收治病情与研究所正在研究的问题有关的患者，并免费治疗。这样，实验室之外又增加了持续观察临床问题的场所；医院的开办因此是研究所扩展的一步，而非1901年创办时已经完成的配置。
纽约州教育部门的正式认证报告记载，研究所于1954年获得授予博士学位的章程授权，1965年更名为洛克菲勒大学。学位授权与采用大学名称是两次后来的变化，均应与1901年的创办分开。