先取得土地，再举行奠基
按当时英格兰使用的旧历，1621年7月25日下午约两点，牛津大学的副校长、学监与多位学者来到东城门外，为药用植物园铺下第一块基石。医师道森、医学教授托马斯·克莱顿和副校长先后致辞。布赖恩·特温留下的记事，使这场仪式成为园史中可以追溯的起点。
促成建园的是亨利·丹弗斯勋爵，他后来才获封丹比伯爵。大学前一年已讨论建立药用植物园，他提供250英镑，买下原承租人汉弗里·埃利斯在园址上的权益。1621年3月27日的转让书、4月的大学会议记录及夏季与莫德林学院直接订立的租约，共同构成这项事业的土地基础。
河边草地上的长期工程
园址约五英亩，位于彻韦尔河旁，土地属于莫德林学院，早先曾作墓地，后来成为草地。靠水便于园艺，也带来泛滥风险。大学在1621年4月指定人员处理填土、围墙、园门、形制和引水等事务，并负责与工匠议价；建园从一开始就是需要组织劳力与经费的工程。
奠基之后，建筑并未立即完成。丹比门上留下1632年的铭文，围墙工程延续到1633年前后，累计花费超过五千英镑。高大的石墙既标明大学园地的边界，也阻挡风寒、蓄积热量，为较娇嫩的植物和果树提供条件。把土地围起只是开始，后续还须找到稳定的栽培管理办法。
一份园丁契约怎样分配责任
真正使园地充实起来的，是来自不伦瑞克的老雅各布·波巴特。1630年代，丹弗斯曾与国王的园丁老约翰·特拉德斯坎特商谈，但没有证据表明后者实际接任。保存下来的波巴特聘约署于1641年，要求他尽其知识和能力整理、施肥、保护园地，并栽种需要的草本、树木和其他植物。
契约把园艺劳动与收益联系起来：波巴特可获得园中树木和果实的收益，并领每年40英镑报酬，分四期支付。名义租期为九十九年，同时以他仍然在世为条件。若不履行职责，捐助者可以撤销年金和职位；捐助者去世后，继承人的撤换还须得到指定大学负责人的同意。日常劳动因而嵌在一套个人资助与大学监督相结合的安排中。
收藏依赖收入，也依赖交换
英国内战及丹弗斯去世，使这套安排受到冲击。园史保存的一份未署日期的请愿草稿说，波巴特的40英镑年金已有七年或更久未付，请求副校长和代表们协助追索。栽培果蔬、出售园艺植物的收入，成为维持园丁生活与园地运作的重要部分。
园中收藏因此超出单纯的药草范围。波巴特经营果树、蔬菜和观赏花卉，也从往来的植物爱好者那里获得外来植物。栽培使人能够观察开花、结果和季节变化；父子二人积累的植物书籍及压制标本，则为反复比较提供了不随季节消失的材料。园艺经营和博物研究在同一片园地中交错进行。
学者与园丁共同整理名称
1648年出版的匿名植物目录，传统上归于老波巴特。它把植物名称按字母排列，并提供拉丁文与英文之间的双向查找。这样的书能告诉读者园里有什么，也让植物爱好者把看到的活体与书本中的名称联系起来。
1658年的增订目录则明确署出菲利普·斯蒂芬斯和威廉·布朗，并在扉页说明曾请波巴特父子参与商议。序言解释，编者优先沿用英国读者熟悉的杰勒德和帕金森的名称，再加上作者与书页参照。大学学者处理文献，园丁提供栽培与辨识经验，双方合力把零散知识组织成可检索的条目。名录也保留了当时区分的花色和形态类型，不能直接把每个旧名称都计作今天的一个物种。
教学与分类研究随后成形
建园之初设想的植物学讲授，到1669年罗伯特·莫里森获聘后才有了新的组织形式。1670年9月，他先在医学讲堂开讲，随后转到植物园中央，桌前陈列草木，每周授课三次，持续五周。园地、活植物和讲授由此直接结合。
莫里森继续研究植物分类，年轻的波巴特则参与维护植物与标本资料。早期园史并不是一次捐款后设施便齐备的故事：1621年的租地和奠基，经过建筑、聘约、经营与共同编目，才逐渐形成能够持续观察和传授植物知识的场所。