为什么需要跨境规则
候鸟、海洋哺乳动物等野生动物的生命活动跨越国界，一个国家保存繁殖地，未必能保证它们在迁徙途中或越冬地安全。1972年斯德哥尔摩人类环境会议的第32项建议，提出为跨国迁徙物种制定国际保护安排。德意志联邦共和国此后推动磋商，世界自然保护联盟环境法中心协助起草文本。
1976年的专家讨论与后续谈判逐步形成框架。公约秘书处的历史回顾记载，1979年77个国家的代表到波恩谈判，围绕是否限制于濒危物种、是否排除海洋动物等问题发生争论。最后形成的《保护野生动物迁徙物种公约》，通常简称CMS或《波恩公约》，于1979年6月23日在波恩缔结。参加谈判的国家数量不等于当天批准公约的数量。
签署之后还有批准与生效
公约要求将批准、接受、核准或加入文书交给作为保存人的联邦德国政府。第十八条规定，收到第十五份文书后，按条文规定的月份计算整体生效时间；公约实际于1983年11月1日生效。因此，1979年代表签署文本，并没有使它当天就对所有国家发生完整的条约约束。
1984年在波恩设立的秘书处由联合国环境规划署提供支持，负责组织会议、传递资料和促进合作。缔约方大会决定工作与预算方向，科学理事会提供专业意见。附录也能随着证据与会议决定而调整，后来列入的物种不能直接当作1979年原有名单。
两种附录对应不同工作
公约所说的迁徙物种，指全部种群或地理上分开的种群部分，其相当比例成员周期性、可预期地跨越国家管辖边界。保护不能只看动物最后停留在哪国，而要留意沿途栖息地和妨碍迁徙的因素。附录一列濒危迁徙物种，附录二则为需要或能显著受益于国际合作的物种提供协定途径，同一物种可以同时列在两者之中。
附录一分布国缔约方须禁止捕取有关动物，并努力维护栖息地、减少严重妨碍迁徙的障碍。科学研究、改善物种生存、传统生计及特殊情势等例外受到条件限制，必须限定内容、时间和空间，且不应损害物种。秘书处2025年指导材料进一步说明，例外不应被写成无边界的通用许可，国家需要用本国制度落实这些要求。
瓦登海的区域合作
丹麦、德国和荷兰在1990年10月16日签署《瓦登海海豹保护协定》，该协定于1991年10月1日生效。它是CMS框架下区域协定的实例，聚焦跨三国水域活动的普通海豹种群。共同瓦登海秘书处提供协调服务，工作计划涉及栖息地、污染、巡护、研究及公众信息。
这里的合作不是从签字才开始：三国协调海豹监测已有较早基础，协定把持续合作进一步制度化。后来管理计划也纳入灰海豹，但灰海豹并非海豹协定原文所针对的物种。范围扩大需要交代所依据的管理层次，不能笼统说所有海豹一直受同一条约条款保护。
用调查检验保护工作
联合监测把分散在三国沿岸的观察转成能够比较的资料。瓦登海2022年状态报告说明，管理计划规定每种海豹每年至少五次航空调查，在产仔和换毛季分别安排；不同季节的计数回答不同问题。沿岸搁浅记录、死体检查和栖息地观察又补充了仅靠数量看不到的信息。
调查也暴露了落实的缺口。报告指出，为跟踪繁殖和换毛时间变化而建议的额外航次，没有持续按建议开展；幼仔计数增长与整体数量停滞之间的关系，也仍待研究。海豹曾遭受疫病冲击，污染、捕捞和干扰等影响同样需要辨认。公约提供了协调、报告和进一步协定的路径，实际成效仍取决于各国执行、持续监测及对新证据的反应。