起兵与瓦特贝格会战
1904年1月12日前后，武装冲突在奥卡汉贾一带爆发，并迅速扩展。赫雷罗战士袭击农场和聚落，破坏铁路、桥梁，围攻殖民据点；一百多名德国男性被杀。马哈雷罗要求不攻击德国妇女和儿童，这一命令并不能抹去对平民的杀戮，却表明战争目标并非无差别消灭所有欧洲人。
德国调来援军，洛塔尔·冯·特罗塔接掌军事指挥。8月11日的瓦特贝格会战中，德军试图围歼赫雷罗主力，但大批战士及随行家属逃向奥马赫克干旱地区。此后德军控制水源与返回通道，追击和封锁使逃亡者遭受缺水、饥饿与衰竭，战场之外出现大规模死亡。
把族群作为驱逐和射杀对象
10月2日，特罗塔发布公告，宣布赫雷罗人不再是德国臣民，要求其离开殖民地，并威胁射杀境内无论是否持枪、是否拥有牲畜的赫雷罗人。公告拒绝接收妇女和儿童，要求将他们赶回族人所在之处。这使针对战斗人员的战争与针对整个群体生存条件的摧毁明确结合起来。
附给德军的说明又把向妇孺开枪解释为越过头顶射击、迫使其逃跑，并预期不再接收男性俘虏。这一表述不能理解为安全保护：把妇孺重新赶入缺水地区，仍把其生存置于致命危险之中。命令及执行环境，是判断这场战争具有种族灭绝性质的关键证据。
命令撤回之后的暴力延续
柏林干预后，灭绝命令于1904年末被撤回，但死亡并未停止。投降者与被俘者被送入集中营，强迫劳动、疾病和恶劣生活条件继续夺去生命。同年晚些时候，纳马人的抵抗扩大，战争由此进入另一个相互关联、却有不同作战方式的阶段。
对赫雷罗社会而言，后果不只是战败。人口锐减伴随土地、牲畜和政治自主权的丧失，幸存者被置于严格限制迁徙和劳动的殖民秩序中。1904年的反抗没有终结殖民统治，殖民国家却借战争加速重组了地方社会，把原先具有独立生计的人群进一步变成受支配的劳动力。