宫廷联盟中的权力竞争
保元之乱之后，后白河上皇、二条天皇及其近臣之间的权力关系尚未稳定。信西，即藤原通宪，是朝廷中的重要政治人物；藤原信赖与源义朝等形成反对他的联合。平清盛与信西的关系及其武力，又使宫廷争执同武士集团的竞争交织在一起。
这种格局不是一个整齐的“源氏对平氏”两军对阵。贵族、院近臣、支持天皇亲政的人物及不同武士都参与其间，联盟在事件进程中还会变化。皇位与院政之间的关系、官职和宫廷的控制权，都是冲突的组成部分。
三条殿夜袭与信西败亡
平治元年旧历十二月九日夜，趁清盛赴熊野参拜、离开京都之际，信赖、义朝等发动袭击。三条殿遭焚，后白河上皇及上西门院被移至内里的御书所。这里的十二月九日属于当时日本历法，不是公历1159年12月9日；日本史中的1159年标年与部分西文资料的1160年标年，应结合历法理解。
信西逃往京都以南，最终死亡，其首级被公开悬示。信赖等掌握宫廷后进行官职任命，试图把军事上的突然成功转为政治权力。不过，对天皇及上皇的“控制”究竟达到何种程度，后世文献的表述并不完全一致；武力支配和日常礼仪仍可能同时存在。
天皇脱出与清盛反击
清盛回到京都后，局势逐渐逆转。旧历十二月二十五日，二条天皇离开内里，前往清盛所在的六波罗；随后发生战斗，信赖一方失败。信赖被处决，义朝逃离京都，后来在逃亡途中被杀。失去对宫廷的控制，使反信西联合难以维持原有的政治与军事优势。
信赖、义朝的败亡并不等于所有争端同时结束。参与排除信西的贵族仍在朝中活动；次年二月，藤原经宗、藤原惟方又被捕。平治之乱削弱了清盛的重要武力对手，但平氏此后的升迁与权势扩张仍是一个继续发展的过程，不能把后来的平氏政权全部当作这次战斗当天完成的制度变更。
军记、绘卷与史学解释
《平治物语》及其绘卷使三条殿烈火、奔逃人群和宫廷争夺成为广为流传的历史形象。国会图书馆所介绍的绘卷原本形成于镰仓中期，馆藏摹本则更晚；大都会博物馆的保元、平治合战屏风属于17世纪。这些图像反映后世对战争的叙述，不能直接当作事发当夜的目击记录。
古澤直人对河内祥辅学说的研究，具体讨论了三条殿火灾是失火还是放火，以及后白河是否在幕后推动行动。古澤依据《百炼抄》《愚管抄》等记载支持放火说，并认为证明上皇幕后意图的证据不足。争论的核心是史料如何形成、人物动机能否得到证明，而不是简单用“无能的信赖”解释全部经过。