从分封管理到王室中枢
1549年，托梅·德索萨抵达巴伊亚并建立以萨尔瓦多为驻地的总督行政中心，是葡萄牙在美洲殖民统治的一次重组。总督职位及其章程已在1548年12月17日设立，1549年则是人员到任、建城与行政运作展开的阶段。这不是独立巴西国家的成立。
1530年代的世袭都督区把大幅土地及管辖权交给受封者。新制度旨在加强王室对殖民、防御和行政的干预，并援助分散的殖民据点。巴伊亚被王室收回，成为总督驻地；其他世袭都督区并未因此同时消失，中央权力是在既有地方管理之上扩展。
海湾上的行政与防御城市
1549年3月29日，德索萨及随行官员在巴拉港登陆，随后组织萨尔瓦多的建设。城市位于诸圣湾与大西洋之间的半岛，既便于船舶停泊，也适合在高地设置防御和行政设施。总督驻地与港口相互配合，使跨大西洋往来和各沿岸据点的联系有了固定中枢。
城市逐渐形成上城承担防御、行政和居住职能，下城围绕港口发展商业的格局。这一空间结构适应陡坡地形，也体现了殖民政权把军事、官署和海上贸易结合起来的需要；今天所见大量纪念性建筑则属于其后的17至19世纪，并非1549年一次建成。
财政、司法与地方权力
总督代表葡萄牙君主行使广泛职权，同时仍须向王国负责。与其配套的高级财政官和高级司法官，分别加强王室收入管理和司法监督。总督还须巡察各都督区，与地方首长、司法及财政官员商议防务和治理，新的行政关系并非完全排除地方协商。
财政制度最清楚地显示了这种上下层级：安东尼奥·卡多索·德巴罗斯出任首任总财政监督官，统筹征收、账目和开支；各都督区原有的财政机构继续工作，但需接受上级监督和呈报账目。萨尔瓦多由此不仅是总督住所，也是王室控制殖民财源的中心。
建城与殖民扩展
德索萨的职责包括分配土地、促进甘蔗种植和制糖、修筑防御设施以及传播天主教。曼努埃尔·达诺布雷加领导的耶稣会士随行，传教成为殖民组织的一环。对原住民的政策则同时包含受管制的贸易、宗教转化与对反抗者的武力惩罚，行政集中也扩大了葡萄牙对当地社会的干预。
此后萨尔瓦多发展为港口、糖业与奴隶贸易的重要中心，并长期维持殖民首府地位，直到1763年政府迁往里约热内卢。1549年的关键变化，是王室在美洲建立了可持续驻扎的城市中枢，而不是已经取得对后来巴西全部疆域的均质控制。