从情报文件到逮捕
德雷福斯案件始于1894年法国军方对一份军事情报清单的调查。清单是一封残破、没有署名和日期的信，涉及向德国使馆提供机密材料。军方将其笔迹与在总参谋部任职的炮兵上尉阿尔弗雷德·德雷福斯联系起来，把存在泄密行为与认定具体泄密者混为一谈。
德雷福斯出身阿尔萨斯犹太家庭，受过法国军事教育。他的犹太身份与阿尔萨斯背景，在当时反犹主义和对德国的敌意中成为指控得以扩散的条件，而非证明犯罪的证据。10月15日，他奉陆军部长梅西耶之命被捕，羁押于巴黎的舍尔什—米迪军事监狱。
隔离羁押与秘密证据
1894年12月的狱中书信呈现了被告所处的隔绝状态。德雷福斯告诉妻子露西，自己已经接到19日受审的通知，却仍被拒绝与她见面；往返信件也须经政府专员转交。他既反复申明无罪，也仍相信同为军人的审判者最终能够纠正错误。信中的自述保留了一个尚不知道后来事件走向的被告的期待。
12月19日至22日，巴黎军事法庭闭门审理此案。除争议重重的笔迹材料及间接证言外，审判人员还接获一份未交被告与律师查阅的秘密卷宗。辩方无法核对这些材料的来源、真实性及与被告的关系，因而也无法有效反驳决定定罪的隐蔽依据。
判决与议会的即时反应
12月22日，军事法庭一致认定德雷福斯有罪，判处在设防场所终身流放并剥夺军衔。判决并非公开审查证据后形成的可靠结论；秘密卷宗破坏了辩护程序，而军方权威又使这一结论在当时获得广泛信任。案件最初首先改变的是德雷福斯的法律身份与军人生涯，并未在1894年立即改变第三共和国的政体。
12月24日的众议院讨论显示，后来支持平反的人也并非从一开始便质疑定罪。让·饶勒斯此时仍接受军事法庭的有罪判断，却以普通士兵可能因冒犯上级而被处死为对比，主张修改军法中的死刑条款。他反对用进一步加重刑罚来回应案件，其提议在激烈争吵后未获通过。当天争论的重点仍是军事司法中的刑罚与等级差别，而不是德雷福斯已经获得无罪证明。
冤案开端与后来的平反
判决的执行延续到次年：1895年1月5日，德雷福斯在巴黎军事学校庭院公开遭剥夺军衔，随后被送往法属圭亚那附近的魔鬼岛。被捕、判刑、公开降黜与海外流放，是前后相连但日期不同的步骤。其亲属和后来加入的支持者持续追查证据，案件才逐渐发展为冲击军方、司法与共和政治的全国性争论。
1894年的初审也不同于1899年的再审、赦免和1906年的司法平反。法国最高法院于1906年7月12日推翻错误定罪，正式确认指控已不能成立。后来平反所揭示的，是最初调查与审判的失败；它并不使1894年的反犹指控或秘密证据具有任何追溯性的正当性。