代表权危机与军事镇压
1970年巴基斯坦全国选举后，谢赫·穆吉布·拉赫曼领导的人民联盟取得多数席位，但选举结果没有转化为中央权力的和平移交。总统叶海亚·汗、穆吉布和西部政治领袖布托之间的谈判破裂。1971年3月7日，穆吉布在达卡讲话，要求撤销戒严、军队返回营房、调查杀戮并向民选代表移交权力；罢工和不合作运动使东部的政治对抗进一步加深。
3月25日夜，巴基斯坦军队在东部展开镇压，人民联盟被取缔，穆吉布遭拘押。美国驻达卡总领事阿彻·布拉德在3月28日电报中报告，军队针对人民联盟支持者、学生领袖和大学教师实施有选择的袭击，印度教徒也受到攻击。他以“选择性种族灭绝”为电报标题，并批评美国政府保持沉默。这份同时代外交报告记录的是镇压初期的目击与领事馆获报情况，其中仍有未经证实的个别死讯。
独立宣言与战时政府
独立主张随镇压转为建立新国家的政治行动。4月10日，来自东部的民选代表以制宪议会名义发布《独立宣言》，确认3月26日的独立宣告，宣布成立孟加拉人民共和国，并将其效力追溯至3月26日。宣言援引选举授权、中央政府拒绝交权及军队暴力，主张原有政治联系已经无法维持。
这份宣言同时规定临时权力结构：穆吉布任总统，赛义德·纳兹鲁尔·伊斯兰任副总统，总统掌握行政、立法和武装力量指挥等权力；总统无法履职时，由副总统代行。穆吉布当时被关押，纳兹鲁尔因而承担代理总统职责，塔朱丁·艾哈迈德出任总理。政府于4月17日在梅赫尔布尔的拜迪亚纳特塔拉宣誓，该地随后以穆吉布纳加尔之名著称。独立宣告、临时政府成立和就职仪式发生在不同日期。
抵抗组织与难民危机
战时政府在印度境内设立办事机构，组织孟加拉解放力量的军事、外交和民政活动。国防系统由穆罕默德·阿陶尔·加尼·奥斯马尼统筹，战区划为十一个区，其中第十区承担海军突击行动，没有固定的战区司令；另有Z、K、S三个旅级部队。广播、医疗和救济部门也参与战争动员，政府的工作超出了战场指挥。
暴力和战争造成大规模人口逃离。联合国儿童基金会的历史记录估计，1971年约一千万人越境进入印度。救援机构在加尔各答等地组织食品、饮水和卫生援助，儿童营养成为主要救济事项。印度既承受难民安置压力，也向孟加拉独立力量提供训练和武器；东部冲突因而持续牵动两国边界和国际外交。
十二月战争与统治更替
1971年末，边境战斗升级。12月3日巴基斯坦空袭印度空军基地后，印巴全面战争爆发，东部战场上印度军队与孟加拉独立力量共同推进。12月16日，巴基斯坦东部驻军无条件投降；西部战线则于次日停火。东部投降结束了巴基斯坦中央政府在当地的军事控制，孟加拉国获得了建立独立国家行政体系的实际条件。
军事胜利之后仍有大量难民返乡、基础设施恢复和政治制度重建工作。穆吉布在1972年1月获释并返回达卡，战时政府随之转入独立后的国家建设。联合国儿童基金会在1972—1973年继续参与粮食、饮水和儿童救济，显示战争结束与社会生活恢复之间存在明显距离。