分析对象首先是离子
质谱分析先形成带电粒子，再利用电场、磁场或相应运动规律分离和探测。常用横坐标是质荷比，因此质量与电荷状态都参与决定信号位置。同一质量的多价离子与单价离子可以位于不同位置，识别谱峰时需要说明采用的离子模型。
参考：[1]
磁场分离的一个模型
在一种质谱仪模型中，离子先经过交叉电场和磁场组成的速度选择区，再进入单独磁场发生弯转。已知电荷、速度与场强后，可由轨迹半径推断质量。这个模型清楚展示物理原理，但实际质谱仪还可以采用其他分析结构。
参考：[1]
同位素研究中的作用
阿斯顿在1919年发展质谱仪器，用离子束在电磁场中的不同行为研究元素的同位素。它把化学性质近似相同、质量却不同的原子区分开来。元素的平均原子量和各同位素的质量需要分别讨论，同一元素不必只对应一个质量信号。
参考：[2]
谱图与参考条件
化学鉴别常比较未知样品与参考质谱，但离子来源和仪器参数会影响信号。NIST化学数据库在谱图之外记录来源、仪器类型和参数，说明这些信息属于证据的一部分。峰的位置、相对强度与其他分析结果共同使用，才能支持更可靠的物质判定。