理工科起步与学科扩展
京都帝国大学于1897年设立，是日本第二所帝国大学。增加高等教育机会与产业对专业人才的需求，是校方档案史说明的背景。学校首先开办理工科，法科与医科随后加入，文科到1906年才成立；综合性并不是创校当天同时完成的配置。
最初合设的理科和工科在1914年分离，1919年前后的制度改革又把分科大学改组为学部，并增设经济学部。1923年农学部成立，新的实验和研究设施陆续出现，综合教学与专业研究由不同学部、附属医院和研究所共同承担。
教授参与治理与学术冲突
早期校长由文部省选任，教授逐渐要求对学校事务有更多发言权。1913年的泽柳事件围绕校长未经教授会同意解聘教师，引发抗议；随后教授会在教师任免中的地位获得承认。1919年，学校进一步采用由教授选举校长的制度，自治由具体的任免和决策程序支撑。
1933年，泷川幸辰因著述与讲演被认为具有马克思主义倾向，受到文部省要求休职或退职的压力。法学部教师反对政府干预学术并宣布集体辞职，最终33名专任教师中有21人离校。这场冲突使教师任免、学术表达和国家权力之间的关系，成为校史中的具体问题。
战后改名、女性入学与研究所
战后教育改革改变了大学的名称、招生与课程。学校在1946年首次接收正式女学生，1947年改称京都大学，1949年成为新制国立大学，并纳入第三高等学校等教育资源。一般教育、本科和研究生培养由此重新安排，旧制与新制之间存在人员和设施的延续，也有明确的组织改变。
汤川秀树1949年获诺贝尔物理学奖后，学校于1953年设立基础物理学研究所，支持全国研究人员共同利用。一般教育与研究生教育也继续改组，1991年设置人间·环境学研究科，1992年设综合人间学部，把跨文理领域的教育组织成新的课程与培养安排。
研究、教学与公开责任
京都大学的使命宣言把学术自由与研究伦理并列，要求在不同学科中开展基础与应用研究，同时重视自主、互动的学习。它也提出尊重内部学术单位的管理自主性，并向社会承担责任。这些原则为机构如何说明自身目标提供了公开文本。
进入二十一世纪，学校继续调整学科与校园空间。2003年，工学研究科部分化学和电气领域迁往桂校区，随后教学研究在新地点展开。原有吉田、宇治及新校区之间的分工，使学部、研究科与研究所可以在不同环境开展工作，校园扩展也成为组织研究条件的一部分。