从葡萄牙人居留地到荷兰商馆
出岛由长崎25名商人共同出资营建，1636年完成。幕府希望在维持贸易的同时限制基督教传播，于是把原来散居城内的葡萄牙人集中到海中的人工岛上。岛形近似折扇，亦有“筑岛”“扇岛”等称呼。它是港口中的特定居留与贸易设施，而非整个长崎港。
1639年葡萄牙人被禁止来航，出岛一度空置。1641年，原在平户的荷兰东印度公司商馆迁入。荷兰商人取得继续交易的许可，却失去了在平户时相对宽松的活动条件。岛上居宅、仓库和工作空间，由此成为外商集中居住与货物集散的场所。
桥梁、仓库与受控交易
出岛与岸上通过桥梁相接。商馆人员包括馆长、书记、医生和工匠，也有从爪哇等地带来的仆役；日本通词和其他工作人员则维系日常运转。荷兰人不能任意出岛，日本人入内也受限制。小岛并非脱离日本管辖的荷兰领地，而是受日本当局监督的商馆驻地。
往来的货物具有亚洲贸易网络的性质：生丝、糖、胡椒和药品等输入日本，银、后来占重要地位的铜，以及陶瓷、漆器等运出。1698年起，长崎会所统一经办相关贸易，购入进口货再售予商人，并组织相应出口货。数量和价格受管制，商馆员另有获准经营的私人货物。
情报义务与双向知识交流
商船到港同时意味着海外消息到来。幕府要求荷兰方面报告外国动向，通词译成日文，再经长崎奉行送往江户，这些报告称为“荷兰风说书”。信息提供是继续通商的一项条件，最初尤其服务于防范传教士及天主教势力。
知识交流也发生在商馆医生、通词和日本学者之间。德国医生恩格尔贝特·肯普弗以荷兰东印度公司雇员身份于1690年来日，在通词今村英生协助下收集资料，并随商馆长两度赴江户。其《日本志》描述政治、地理、动植物和参府经历；他还把日本图解书《训蒙图汇》带回欧洲并用于插图。这条通道既输入欧洲知识，也把日本书籍与观察所得传向欧洲。
商馆终结与史迹复原
1859年荷兰商馆被废止，出岛进入领事机构与新式通商制度下的阶段，1866年并入外国人居留地。此后的填海和河道整治逐渐改变周边地貌，至1904年港湾改良工程完成时，海中扇形小岛的外观已经消失。1922年“出岛和兰商馆迹”获指定为国家史迹。
长崎市1951年度开始整备计划，逐步收购史迹内私有土地；1996年度起展开大规模复原。复原依据包括历史图像、建筑调查和商馆长布洛姆霍夫留下的出岛模型。模型虽详细表现门窗与房间，其高度比例却有夸张，因此研究者还需结合其他建筑资料。
现代展示中的商馆长居宅等复原物，并不等于从江户时代原封保存至今的建筑。恢复四周水面和完整岛形属于长期规划；遗址、历史建筑材料与现代复原，共同构成今天对出岛空间的呈现。