内战之后外来队伍进入安第斯
十六世纪初，疾病与继承冲突影响印加统治，阿塔瓦尔帕和瓦斯卡尔之间的战争调动了不同地区的力量。1532年，皮萨罗率领的西班牙队伍进入安第斯，寻找合作与物资，地方群体依据自身关系作出不同选择。卡哈马卡会面转为突袭，阿塔瓦尔帕被俘，随从遭到杀伤。俘获统治者改变了谈判条件，帝国中的交通、供给和指挥仍由许多地方人物承担，新来者需要利用和重新安排这些网络才能继续行动。
库斯科与持续的军事抵抗
阿塔瓦尔帕被处死后，西班牙人进入库斯科，同部分地方势力合作安排新的统治者。曼科·印加起初参与这些关系，后来组织1536年的大规模反抗，围攻库斯科等地点。战争涉及西班牙队伍、原住民盟军与不同印加力量，双方继续依赖地方劳动和资源。外来统治又在城市、矿业与田地推进新制度，征服者之间的争斗使安排更加复杂。居民在战争、贡纳和迁移中承受压力，各社区的合作与抵抗持续变化。
比尔卡班巴与地方社会的延续
曼科·印加及继任者在比尔卡班巴维持政治中心，与殖民势力进行战争和交涉。1572年，西班牙军队攻入该地区，图帕克·阿马鲁被俘并处死，持续数十年的抵抗中心结束。安第斯居民仍保留语言、生产经验和社群关系，也面对新的宗教、劳动与行政要求。殖民记录与考古材料保存不同地区的变化，地方首领在新的制度中继续发挥作用。征服因此在长时段内重组人与机构之间的联系，日常生活随战争结束继续调整。