桑托斯的疫情与本地供应
1899年，鼠疫出现在巴西桑托斯港。港口与圣保罗市及内地之间人员往来频繁，疫情很快成为州政府的公共卫生问题。当局向法国、意大利等地订购治疗用血清，却遇到供应不足，建立本地机构因而具有紧迫性。
州卫生部门负责人埃米利奥·里巴斯推动设立血清机构，细菌学研究所所长阿道夫·卢茨参与选址。最初的目标具体而直接：让圣保罗州在应对疫情时获得较稳定的本地供应，并把相关研究与卫生行政联系起来。
从农场实验室到独立组织
实验室设在圣保罗市西部的布坦坦农场，起初隶属圣保罗细菌学研究所。农场位于皮涅鲁斯河另一侧，远离当时城市中心，已有建筑可供改建。地点的选择把研究所带到城郊，却仍由州的公共卫生系统组织支持。
1901年2月23日，圣保罗州总统弗朗西斯科·德保拉·罗德里格斯·阿尔维斯签署第878-A号法令，规定布坦坦血清治疗研究所的组织。机构取得独立地位后，仍归州卫生服务主管机关管辖。实验室筹设与独立组织的确立，分别属于1899年和1901年的发展阶段。
负责人和一支小型队伍
首任所长为医生维塔尔·布拉西尔。他此前参与桑托斯的疫情调查，在机构成立后承担领导工作。法令列出的职务除所长和助手外，还有管理员、文书、两名业务辅助人员、车夫，以及从事饲料种植等工作的雇员。研究活动的日常条件，由行政、运输和农场劳动共同维持。
所长、助手、管理员和文书由州卫生主管机关提出人选，再由政府任命；部分辅助人员与其他雇员，则由卫生主管机关聘用或解雇。这样的任命办法，把研究负责人的工作置于明确的政府组织关系中，也区分了正式任命与雇佣岗位。
经费列入州预算
第878-A号法令援引1900年11月17日第758号法律中的“血清治疗研究所”预算项目，并规定相关支出由该项拨款支付。经费安排早于独立组织法令，显示设所已经进入州的财政计划。
法令把人员构成、任命权限和支出来源放在同一份文件中。对一所起步中的机构而言，这些规定使负责人、雇员和供给条件有了行政依据。公共财政承担的机构工作，随后要回应州内的卫生需求；研究与供应活动也由此获得持续组织的基础。
以早期产品配送观察协作
1901年6月11日，研究所交付首批抗鼠疫血清，随后在圣保罗市、桑托斯和索罗卡巴等地分发。这个工作把疫情发生地、州政府、研究负责人和使用产品的城市联系起来。成果的去向从一开始就超出研究所内部，成为州公共卫生应对的一部分。
布拉西尔也推动针对蛇伤的研究和血清工作。此后研究所与乡间居民建立交换联系，取得研究材料，同时向地方提供血清；公众因此既是服务对象，也参与机构与各地之间的联系。这里形成的是围绕研究、公共服务与地方沟通展开的协作网络。
向公众解释研究
布拉西尔重视向公众说明科学与研究所的活动。机构历史研究把这种工作与公共服务相联系，列举面向居民的门诊、乡村学校和科学传播活动。研究所要让地方社会理解其工作，日常接触遂成为持续办事的一项条件。
后来以布坦坦研究所之名发展的机构，逐步结合研究、产品供应和教育传播。1901年的创设，首先确立了在州卫生系统内开展这些工作的人员与财政框架；它的早期协作则展示了城郊研究场所如何同城市和乡村的公共需求连接起来。