从学院到大学的筹办
维尔纽斯大学的基础，是当地天主教主教瓦莱里安·普罗塔塞维奇支持的耶稣会学院。耶稣会士于1569年来到维尔纽斯，学院在1570年开办。城市中的不同宗派都在组织教育，建立能够授课并颁授学位的机构，既是地方办学需求，也是天主教改革事业的一部分。
1578年8月25日的主教捐赠文书明确提出，在已开始教授哲学的基础上扩大教学，使学院具有大学地位并开设神学课程。文书把青年教育、宗教实践和公共利益联系起来。它呈现的是创办者自身的信仰目标；把这所学校解释为现代意义上宗教中立的大学，会抹去当时的办学条件。
1579年的王室与教廷认可
筹办并非由一份文书瞬间完成。巴托里在1578年已授予学院大学特权，但有关盖印的阻力使程序未顺利完成。现存1579年王室特许状署期4月1日，明确赋予维尔纽斯耶稣会学校大学资格，允许在神学、形而上学、自然哲学和逻辑等领域授予学士、硕士及博士学位，并以克拉科夫大学的权利作为重要参照。
同年10月，教宗格列高利十三世的诏书进一步确立其神学、哲学与文科教学和颁授学位的地位，规定由耶稣会人员按本会及大学制度管理。王室承认和教廷确认分别处理政治法权与教会教育资格，使既有学院成为能够授予通行学位的大学。1579年的意义在于这项制度转变，而不是城中第一次出现教学活动。
校舍、土地与日常收入
办学所需的物质基础，可以从主教捐赠文书看得很具体。他为学院取得位于主教街、面对主教府的砖房及邻近房屋和地块，另捐维利亚河对岸土地，供作园圃或其他用途。相邻的圣若翰洗者教堂也与学院相连，教学、居住和宗教活动由此在城市空间中结合。
捐赠不止于房屋。文书还列出田地、村庄、林地、牧场以及现金和谷物收入，并授予供日常需要使用的捕鱼和磨谷权利。这些财产及其收益承担持续供养的作用，不能简单折算成一笔现代式“建校经费”。王室随后确认了捐赠及有关豁免，使物产收入与法律保护共同支撑学院扩建。
参考：[1]
教学组织与自治的范围
学校早期设哲学、神学两个学部，首任大学校长为耶稣会士彼得·斯卡尔加。学院阶段承担文科准备，之后哲学学习通常为三年，继续进入神学者再修四年。1579年王室文书明文排除法学与医学的授课和授位，不应把后来增设的专业一并放回创校时点。
特许状给予师生若干税费和司法豁免，以校长为直接司法权威，较重事务又联系主教担任的大学职位。这种自治是特定团体的权利，仍嵌在王权、教会和耶稣会制度之中。教宗诏书另准许耶稣会总会长制定、修改合法且不违背教会规范的校务规定，表明教学组织并非由学生或各教师自由决定。
学生流动与贫困生供养
教宗诏书允许已经在其他大学开始相关课程的学生到维尔纽斯继续学习；取得学位须满足修业、学识和品行要求，并经过严格考试或辩论。新大学因此被纳入跨校认可的学习体系。这样的条款说明制度上可以接续外校学业，却不能据此推定每个申请者都能无条件入学。
米哈乌·巴林斯基的校史还记述，普罗塔塞维奇在1579年设立贫困学生寄宿设施，在伯纳丁街购屋住宿，并用另两所房屋及商铺的租金支付学生生活所需，由学院校长安排管理。对缺少家庭资助的青年而言，居所、衣食和稳定收入关系到能否完成课程。这一安排显示，扩大教育机会需要日常供养，而不只是取得颁授学位的许可。
课业如何进入城市书籍网络
教育规模扩大也带动书籍需求。雅库布·涅兹维兹的研究估计，16世纪末学院学生约有九百人，需要语法、修辞、诗学及古典作品读本。他转引1594年的耶稣会书信，说明从克拉科夫运来教材价格高昂，本地印刷有望减轻负担；这反映了学生、书商和印刷作坊之间的实际联系。
1576年由米科瓦伊·克日什托夫·拉齐维乌创设的印刷作坊，十年后交给耶稣会，出版教材、宗教论著和文学作品。早期大学的知识传播因此依靠讲课、辩论、学位和书籍共同展开。其影响与宗派竞争并存，既扩大了当地接受高等教育的条件，也加强了天主教教育组织在维尔纽斯的地位。