研究所开办与医院收治
1900年10月1日（公历），汉堡船舶与热带病研究所（Institut für Schiffs- und Tropenkrankheiten）开始工作，伯恩哈德·诺赫特出任首任所长。这是后来以他命名的热带医学研究所开办的日期。它的任务从一开始就包括培养赴热带服务的医生、治疗热带疾病和开展研究。
建立这套组织需要改组港边泽瓦滕街（Seewartenstraße）的海员医院。汉堡参议院于1月15日向市议会提出方案，议会在24日批准。保留下来的决议明确把面向内科患病海员及热带病人的医院，与一所船舶与热带病科研机构相结合。研究所于当年秋季开办后，新海员医院在1901年1月1日重新开设，2月19日才接收首批住院病人。
港口医生遇到的实际问题
诺赫特参与了1892年汉堡霍乱疫情期间的易北河卫生检查。疫情过后，市方设置港口医生一职，他于1893年4月1日到任，负责检查港内船舶的卫生状况，也为其他医生提供咨询并治疗病人。1895年，圣格奥尔格老综合医院为患内科疾病的海员设立二十五张病床。
港口把医学问题带到医生面前。来自海外航线的海员患有疟疾等疾病，而德国通常的医学教育很少讲授这些内容。诺赫特因此主张把病人留在港口附近治疗，并在海员医院内开设医生培训课程。汉堡商人同样关心船员能否保持健康、继续工作，航运经营与医疗知识的需求由此相遇。
汉堡与柏林之间的选址
罗伯特·科赫也希望设立热带医学培训和研究机构，但倾向于柏林。1899年1月31日，两地代表在柏林讨论选址。柏林拥有科赫和外交部殖民司，汉堡则强调海员由船抵港后即可就医，无需再作长途运送。
诺赫特回到汉堡后，继续推动医院改建，并要求加入实验室。6月14日，殖民司表示，在新机构与其建立隶属联系的条件下，可放弃另设柏林研究所的计划。6月29日，双方在汉堡商定医疗、研究和医生培训三项任务；市方承担医院与研究所的建设经费，兼任港口医生的主任医师由市方和殖民司共同认可任命。
参考：[1]
从短期课程到教学收藏
研究所在1900年秋开始筹备课程，1901年已有面向船医和海军医生的培训。最初的课程每次四至五周，一年举办数次。1901年5月加入的弗里德里希·菲勒博恩负责组织适合课堂演示的材料，这些材料后来成为研究所收藏的重要基础。
随着热带疾病知识增加，课程也加长。1908年首次开办十至十二周的医生大型热带病课程，较短的班次仍继续举办。斯文·托德编写的百年史统计，到1914年共办四十三期课程，参加者八百三十六人，其中包括二百零八名实习人员。教学占去研究人员不少时间，研究与培训之间需要分配人手。
病房、实验室与航线防病
疟疾是早期医疗工作的重心。百年史记载，1901年至1914年，海员医院收治的八千五百五十一名病人中，有三千零八十九例疟疾病例，约占百分之三十六。实验室的古斯塔夫·吉姆萨改进用于检出疟疾的染色方法，也长期研究奎宁，以改进当时的疟疾用药。
研究所还接受航运公司的实际委托。经营汉堡至西非航线的沃尔曼公司希望保护船员免患疟疾；研究所采取安装蚊帐、夜间锚泊和预防性使用奎宁等当时的防病措施。这些工作表明，早期热带医学不仅发生在病房，也围绕船舶、航线以及德国的海外商业和殖民联系展开。
参考：[1]
1914年的新楼与机构扩充
原有空间随课程延长和分科增加而显得不足。1910年已有兴建新楼的要求，汉堡参议院委托建筑师弗里茨·舒马赫设计。新建筑群于1914年初完成，并在5月28日举行启用典礼；它属于研究所发展中的扩建阶段。
平面图分别安排医院、设有实验室和讲堂的研究所主体及动物房，医院与研究所之间以走廊相连。新楼启用时，机构已有一般热带医学、化学、原生动物学、医学昆虫学、病理解剖学等部门，诺赫特仍担任临床负责人。1900年确立的医疗、教学和研究三项任务，就这样逐步获得了更细的分工和专门空间。
参考：[1]