圣彼得教堂里的制度成立
日内瓦大学的制度源头是1559年成立的日内瓦学院。约翰·加尔文推动学校建设，来自洛桑的泰奥多尔·德·贝扎担任首任院长。学院同较低阶段的学校相衔接，形成从语言基础到高等讲授的教育组织；其日常教学依托里夫街区高处的校址，与成立仪式所在的圣彼得教堂并非同一地点。
1559年6月5日，城市执政官、议员、牧师、教师和学生在教堂集会。《日内瓦学院规程》记载，加尔文祈祷劝勉后，规程、学生信仰告白及教职誓词被当众宣读；由牧师选出、议会确认的贝扎随后发表拉丁文演说。因而这一日期首先指向制度公布与开校典礼，并不表示所有办学条件当天才突然出现。
教会与城市共同管理
规程没有把学校交给某个创办者私人支配。牧师与教授负责选出有能力的教师，任命须由执政官和议会认可；院长监督教师与低级学校负责人，调解纠纷，必要时转交牧师团或城市司法机关。院长任期两年，可以续任。这套安排把教学、教会纪律与城市权力联在一起。
贝扎的就职演说为办学作了另一层解释：人虽有学习能力，却不是天生已有知识，即使资质优秀也需要教育。他把学问与德行、敬虔联系起来，要求学生依照规程学习。这是创办者对学校用途的公开主张，不能直接当作所有学生后来表现的证明。
捐款账页中的办学资源
经费问题可以从留下的收款原件具体观察。《学校事务簿》现藏日内瓦州档案馆，档号为Instruction publique A 1。1559年收入页将遗赠、捐款与保管安排写在一起：款项存入加固铁箱，院长持一把钥匙，另外两把放在账务机构。原件说的是一把加两把，不能简化成只有两把钥匙。
同页首笔记载5月27日由遗嘱执行人转交克洛德·杜蓬的遗赠，金额为十图尔里弗，并另记折算账额；6月14日、7月3日又记其他遗赠入账。记录交款人、遗嘱、公证人和收据，说明建校款项通过具体法律与会计手续汇集。这一页能证明资金接收方式，却不足以计算全年总经费，更不能由几笔遗赠推出学校已经财政充裕。
参考：[3]
从七个班级到公开课程
1559年规程提供了比现代院系名称更细致的课程图景。较低阶段分七班，从法文、拉丁文识字开始，逐步进入语法、希腊文、历史、辩证法和修辞。第四班学习西塞罗书信与奥维德诗作，第二班用李维、色诺芬等训练阅读；第一班再练习分析演说的论证和语言装饰。
高等讲授设置希伯来文、希腊文、艺学及神学课程。希伯来文结合旧约解释与语法，希腊文教师讲伦理著作，也选择诗人、演说家和史家；艺学教师讲自然哲学与修辞。两位神学教授轮周解释经文。古典学问没有被排除，而是纳入以宗教学习为重要目标的知识训练。
参考：[1]
注册、考试与受约束的辩论
高等阶段听讲者须先按规定取得城市居住资格，再向院长登记并亲笔签署信仰告白。准备解释圣经的学生另入名册，在牧师主持下公开练习，接受评议；每月还要提出论题并答辩。不过，论题必须符合既定教义，规程明确排斥被视作诡辩或错误教说的内容。
较低年级则有点名、祈祷、唱诗和书写的日程。学生的小组次序按学习进展排列，而不按年龄或家庭门第。年度考试要求独立把法文题目译成拉丁文，并调换监考教师以防作弊；进步特别快者还可另行考核升班。上述条文显示制度设计的细密，实际执行到什么程度仍须另查教学记录。
参考：[1]
跨境教师与后来的大学
德布瓦和德拉克鲁瓦对1559至1800年教师群体的研究表明，学院初期特别依赖外来学者，后来本地人员的比重才逐渐上升。贝扎由洛桑到日内瓦，正是人员跨城流动的实例；改革宗网络既提供师资，也使知识、语言训练和宗教教育越过城市边界。
学院并非1559年就具有后世大学的全部组织形式。此后课程与治理不断变化，1873年才转为日内瓦大学。创办的历史意义，在于建立了能继续运作的教学、任命和学生训练制度。纪念一个开校日可以标识这一过程，却不能代替对经费、课程和管理办法的考察。