从拜科努尔出发
协调世界时2014年3月25日21时17分，联盟TMA-12M从哈萨克斯坦拜科努尔发射，搭载俄罗斯航天员亚历山大·斯克沃尔佐夫、奥列格·阿尔捷米耶夫和美国航天员史蒂夫·斯万森。斯克沃尔佐夫担任联盟飞船指令长，三人的目的地是国际空间站，将在那里参加第39、40长期考察组的工作。
这个发射时刻按协调世界时计，当地已经是26日凌晨。飞船上升正常，随后却没有按计划完成第三次变轨点火。原拟采用的约六小时快速交会因而中止，三名乘员须在狭小飞船内多停留近两天。
备用方案与地面通信
这次延迟没有演变成紧急返回。飞船保持稳定状态，地面改用较长的交会程序。要继续调整轨道，控制人员必须弄清飞船实际位置，并在它飞出俄罗斯地面站覆盖区后保持通信。
NASA阿姆斯特朗飞行研究中心的同期报道记载，莫斯科控制中心经休斯敦请求支援。戈达德飞行动态部门更新轨道信息，雷达跟踪帮助地面确定天线指向；在第13圈飞行时，阿姆斯特朗的甚高频设备接通了乘员与莫斯科的双向通信。
报道引述网络负责人马克·塞弗伦斯的说明，第三次点火前飞船姿态不合要求，事后确认涉及软件问题。预先保留的应急通信能力，使不同机构能够共同处理异常。四月的复盘又把这次经验用于改进寻找飞船的跟踪方法。
对接之后，人员和样品各有去处
协调世界时3月27日23时53分，飞船完成34圈交会，同空间站第二小型研究舱对接。这个实际时刻比延迟后公布的预计时间早五分钟。舱门开启后，三名新到乘员加入站内团队，空间站恢复六人配置，并安排欢迎和安全说明。
飞船还运来了日本蛋白质晶体生长研究的样品，以及空间辐射测量装置。对接当日的运行记录列出后续安排：晶体样品将放入日本实验舱的设备，DOSIS-3D被动探测包用来研究站内剂量分布，另一组剂量计则计划布置在日本舱的17个固定位置。载人运输因此同时连接着地面研究团队、舱内设备和样品往返。
长期驻站的维修与研究
到达空间站后，工作重心从飞船交会转向实验室日常运行。斯万森后来担任第40长期考察组指令长。他参加舱外活动，更换意外失效的备用计算机中继箱；斯克沃尔佐夫和阿尔捷米耶夫在第40组期间完成两次舱外活动，合计12小时34分。
三人的驻站工作涉及地球遥感、人的行为表现及骨骼和肌肉生理研究。补给飞船接连送来设备和物资，乘员还要维护生命保障系统。联盟飞船运送的不是一个脱离空间站的独立实验团队，而是接入既有设施、轮换分工和地面控制网络的一班长期工作人员。
参考：[6]
六月的生菜收获
一个具体例子是Veg-01植物试验。6月10日，斯万森收获了在Veggie装置内生长33天的红色罗马生菜。肯尼迪航天中心的研究人员在次日收获地面对照组，并尽量复现轨道上的种植步骤、供水和生长监测。
项目科学家焦娅·马萨解释，这一轮既测试硬件，也收集食品安全的基础数据。叶片、种植垫和装置内壁接受微生物取样，材料随后冷冻保存，等待送回地面分析。
参考：[5]
离站与着陆分开计时
按协调世界时，9月10日23时01分，联盟TMA-12M离开空间站，第41长期考察组随之开始。飞船在11日2时23分于杰兹卡兹甘东南方向着陆，当地为11日8时23分。美国报道中的“9月10日晚着陆”使用美国东部夏令时，指的是同一时刻。三人从发射到返回共飞行约169天。
返回前的科研工作一直持续到最后一天。斯万森采集了用于免疫相关研究的血液和唾液样本，其中血样随联盟飞船返回。此次任务由快速交会受阻开场，最终完成长期驻站与人员回收，也留下了异常处置、在轨维修和样品运输彼此相连的运行记录。