赔偿要求与旧盟约纠缠在一起
美法海上冲突背后，不仅有商船被捕和货物损失，还有1778年同盟与通商条约是否继续约束双方的争执。美国国会1798年宣布废除旧约，法国谈判者却不承认一方能够如此解除双方义务。美方一面要求退出旧的军事承诺，一面又以旧约作为部分索赔依据，形成了难以绕开的矛盾。
约翰·亚当斯总统仍选择恢复交涉。1800年赴巴黎谈判的美方代表是最高法院首席大法官奥利弗·埃尔斯沃思、前北卡罗来纳州州长威廉·理查森·戴维及驻海牙使节威廉·范斯·默里。法方由约瑟夫·波拿巴、夏尔-皮埃尔·克拉雷·德·弗勒里厄和皮埃尔-路易·勒德雷参加。经过数月谈判，双方先把可达成的安排写入公约。
九月三十日的公约与随后重签
公约通称莫尔特枫丹条约，文本末尾的地点写作巴黎，日期并列法国共和历九年葡月八日与公历1800年9月30日。双方以法文、英文分别签署，并声明双语使用不构成损害任何一方权利的先例。
文件形成还经过一次修订。亨特·米勒收入条约集的谈判日记说明，9月30日先签了称为“临时条约”的文本；10月2日，双方商定调整法国政府称谓、改用“公约”名称，并重写语言条款。10月3日，六份修订文本签名盖印，但仍沿用9月30日日期。条约的正式署日因此与最后一轮文本签署并不完全重合。
参考：[1]
恢复通商，规定归还程序
第一条宣布和平与友好；第六条以最惠国待遇安排港口通商与航行。公约还约定“自由船舶使货物自由”的原则，保护中立一方船上的货物，同时保留战争违禁品例外。对海上检查、船舶证件和战利品审判，也设置了具体程序。
第三条要求相互归还被捕的公有船舶。第四条处理尚未最终判决没收的财产，明确将其效力追溯至公约签署之日；第五条则保留一般债务的清偿，却把因捕获或没收提出的赔偿请求排除在该条之外。不同财产和请求因而进入不同处理渠道。
争执最深的第二条暂把1778年两项条约、1788年领事公约及相互赔偿要求悬置，准备以后再谈。这一折中使新关系得以启动，却没有当场清算旧账。
批准附加了新的交换条件
1801年2月3日，美国参议院同意批准，但要求删除第二条，并增加公约自交换批准书起有效八年的条款。2月18日，亚当斯据此签署美国批准书。法方接受八年期限，却不愿只取消旧约而留下美方继续追索赔偿的余地。
7月31日，第一执政拿破仑·波拿巴批准公约，附加条件是双方都放弃原第二条所涉及的相应要求。批准书同日在巴黎交换，八年效期由此起算。这使解除旧盟约义务与放弃相关索赔相互联系，而非单纯删掉一段文字。
法国保留条件传到华盛顿后，托马斯·杰斐逊总统再次送交参议院。12月19日，参议院宣布公约已经充分批准；12月21日，总统发布公告，要求美国官员与居民遵守。签署、附条件批准、换文和美国国内公告，由此跨越两个年份。
舰艇归还先于最后公告
执行并未等到所有外交手续结束才开始。1801年3月20日，美国海军部命令波士顿代理人，把被俘法国军舰“贝尔索”号连同火炮、弹药和装备交还法方。4月1日的后续指示又要求查明该舰被捕时的状况，修复妥当后再交付。
“波士顿”号6月22日航海日志记录，“贝尔索”号升起法国旗帜，与“宪法”号互鸣二十一响礼炮，并交还法国。7月的往来文件继续处理维修支出及舰上现金。归还命令、修复、实际交接和账务处理，是把和平承诺落实到一艘军舰上的连续工作。
参考：[3]
财产争议进入法院
商船归还还要经过裁判。“佩吉”号1800年在圣多明各附近被美舰捕获，巡回法院于9月23日判其没收，船主继续上诉。1801年12月审理该案时，美国最高法院依据公约第四条，认为案件仍在争议中，原判不属于条约所说的最终没收，因而判定应予归还。
这一判决显示，和平安排会改变尚未终结的战利品诉讼，但“应当归还”的司法结论仍不同于已完成交付。美法公约结束争执的方式，是重设两国交往及财产处理的规则；具体船舶、债务和赔偿请求，仍须由行政机关、外交代表与法院逐项办理。